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プライマーダイマー
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2本のプライマーが100%マッチでしたら、まず100%ダイマーを形成します(が、そこまでひどい例は少ないでしょう)。 逆に、ダイマー形成に寄与する塩基が少ない程ダイマーができにくくなります。 クローニングなどで、そういったプライマーを使わざるを得ない場合もありますよね^-^; そういう時は、以下のような対処が考えられます。 (1) PCRのアニーリング温度を高めに設定 (2) その他、PCRの条件を厳し目に設定(Mg++少なめなど) (3) テンプレートを多めに入れる (4) DMSOを少量添加 (5) 対象がgenomicDNA/cDNAといった場合、Nested PCRで増幅対象を絞り込んでおく (=対象より外側にまともなプライマーを別途設計しPCR, 増幅産物を使ってプライマーダイマーの心配があるプライマーで再度PCR)。 他にもあると思いますが、基本こんなかんじでしょう。 私ならまずは試すだけ試してみて、結果を見て考えます。 うまくいくと良いですね!
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