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ハンドルが関与するオブジェクトは何か使用されていないですか。 event, mutex, thread, process, semaphore など。 使用していれば、確実に CloseHandle() がコールされているかを調べてはどうでしょう。 ソースを見てわからなければ、ログを埋め込めばわかると思います。
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