モル吸光係数

質問

アミノ酸配列からモル吸光係数を求めるサイトを教えてください。

回答No.2

ryumu

アミノ酸配列から・・・ってことは、ペプチド結合のモル吸光係数を求めてる訳ではないのですね。
ってことは、電子スペクトルに関係するのは、側鎖に共役系があるチロシン、トリプトファン、フェニルアラニンの３残基です。

おおざっぱには、１ Ｍ当たりの２８０ nmのモル吸光係数Ｅ（光路差１cm）は

　　Ｅ＝チロシン残基数×1390　＋　トリプトファン残基数×5800

で表せます（タンパク実験プロトコール １、２　秀潤社）。
フェニルアラニンのモル吸光係数は小さいので（約0.7）、おおざっぱに見るときは無視します。

蛋白質の場合、周囲の環境によってモル吸光係数もやや変化します。
またチロシンはpHに依存して解離し、それに応じてモル吸光係数も変化します。厳密に調べるには、濃度既知の試料のペプチド結合の吸収から調べた方がよいでしょう。
調べるときは、ペプチド結合や280 nm付近の吸収を生じない試薬を用いるのはいうまでもありません。
サイトは・・・・私は知らないです・・・すみません・・・

お礼

回答ありがとうございます。蛋白質でペプチド結合の吸収を用いて調べている例というのはあるのでしょうか？かなり短波長である必要があるとおもうのですが。