• ベストアンサー

imageJで筋線維の長径・短径を知りたい

初めて質問させていただきます。 現在、マウスの骨格筋線維をimageJで測定しています。Area（面積）は測れております。各線維の「長径」と「短径」を計測したいのですが、SetParticlesのどれがその部分に当たるのでしょうか？ また、Resultsに出てくる、「XM」「YM」「BX」「BY」とはその線維のどこを計測した数値なのでしょうか？ 内の研究室では教官が変わったばかりで、実験の方針など詳しい前例がなく、imageJの使用法も手探りです。 どなたかわかる方がいらっしゃったらおねがいします！！

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
回答No.1

とりあえずマニュアルは読みましょう。参考URLからAnalyseのあた りに計測の話が書いてあります。測定項目の設定やXM、BXの解説もね。

参考URL：
http://rsb.info.nih.gov/ij/docs/
ichi1115
質問者

お礼

ありがとうございます。マニュアルなんてあったんですね・・助かります！ FitEllipse⇒MajorとMinorで測ることがわかりました。 BX、BYは座標であるkとがわかったんですが、XMやYMといった数値もなにかの座標なのでしょうか？

  1. カテゴリ
  2. 学問・教育
  3. 自然科学
  4. 生物学

関連するQ&A

  • Image Jでの細胞面積の測定について

    ImageJを使って、骨格筋細胞面積の計測を考えています。骨格筋細胞の辺縁をImageJのThretholdでうまく認識できないため、画像をまずPhotoshopにて取り込み、細胞の辺縁をペンでなぞり、白黒の新たな画像を作り、それをImageJで解析しようとしました。まずProcess-Binary-Make Binaryを行い、その後Find edgesを行いました。そこまではうまく、辺縁を認識できているようでしたが、スケールを設定の上、Analyze particlesを行っても約２００程度ある細胞の内の１０程度しか認識してくれません。どうも線と線が接しているような場合は認識してくれないような、印象がありました。細胞同士接していることは多々ありますので、そのような場合にどうすれば、細胞として認識してくれるのか、わかる方いらっしゃいましたら、ぜひご教授いただきたく存じます。どうも文章ではうまくニュアンスが伝わらないのですが。 なお、Binary-Watershedも行いましたが、いらん所を分割してしまい、全く使えませんでした。先輩に聞いたところ、昔のversionではできた。などど言われました。ちなみに今使用しているバージョンは1.37です。1.40でも試しましたが、同じ結果でした。 よろしくお願いします。

  • 筋線維について

    カテゴリー違いかもしれませんが、学校の保健体育のレポートで以下の問題が出て、悩んでいます。 「筋線維の機能の違いに注目して、筋線維を二つに分類し、それぞれについて説明しなさい。」 教科書や学習書を見ても筋線維についてまともな説明もなく、何と書けばいいか分かりません。 筋線維って何なのですか？

  • 筋細線維と筋原線維

    (1)筋細線維は2種類　ミオシンとアクチンである。 (2)筋原線維は、さらに細い筋細線維の集合である。筋細線維はアクチンフィラメントとミオシンフィラメントからなる。 (3)アクチンとミオシンは線維状のフィラメントを構成する。 筋細線維はミオシン アクチンのことですか？ それとも、フィラメントのことですか？ 筋節がつながったものですか？ 教えてください。よろしくお願いします。

  • 筋線維組成について

    FG線維、SO線維、FOG線維のこのアルファベットの略の英語は何なんですか？

  • 筋線維の数について

    私は今、筋線維について勉強しています。 よく運動すると1本の神経が支配する筋線維の数が増えてこれが筋力UPを意味すると言われます。言い換えれば運動単位が増加すると表現します。もし運動しないと運動単位の減ると思いますが 筋線維自体そのものが無くなるという事はありえるのでしょうか？ 筋線維の数は増えたとしても筋線維自体がなくなるって事はありえるのでしょうか？ ご教示いただければ幸いです

  • ImageJの使い方

    ImageJを用いて、ウェスタンブロティングのタンパク定量をデンシトメトリで測定しています。 analze→gels→select first laneの後、analze→gels→plot lanesで面積を測定しようと思いますが、山が逆向き（下向き）になっているように思います。 設定がおかしいのか、何が悪いのかがよくわかりません。 どのような可能性があるでしょうか。 またどのような改善策があるでしょうか。 教えてください。よろしくお願いいたします。

  • imageJの使い方

    質問です。初めて画像フリーソフトのimageJを使っています。Green Fluorescent proteinを、定量化してみようということになり、これを使うことになりました。強度（intensity）を測定して、画像同士で比べるということをしたいのですが、さっぱりわかりません。背景は一応黒です。日本語の説明書もサイトで見つけて、読みましたし、あと似たような質問がサイトでありましたのでそれも見ましたが、いまいちわかりません。理論も知らなくてはいけないとは思いますが、とりあえずやり方だけ1から教えていただけると、本当に助かります。こちらから何の情報をここに書けばいいのかもわかりませんので何なりと言って下さい。よろしくお願いします。

  • ImageJの使い方について教えてください。

    日頃お世話になっております。 ImageJの使い方について教えてください。 現在、培養神経細胞におけるスパイン数の定量化を下記の論文の方法に従い試みています。 Simultaneous analysis of dendritic spine density, morphology and excitatory glutamate receptors during neuron maturation in vitro by quantitative immunocytochemistry. J Neurosci Methods 207:137-147 2012 その際、 Process→Find Maxima　を使いPointで検出したドットを circular ROIに変換する工程があるのですが、 その変換方法が分かりません。 どなたか、ImageJの使用方法に詳しい方がいらっしゃいましたら、 教えていただけませんでしょうか？ よろしくお願い致します。

  • ImageJについて

    前回も似た質問をさせて頂きましたがわからない所があるのでもう1度質問させて下さい。 ImageJと矩形波チャートを利用してMTFを出そうと思っているのですが、変調度グラフのデータを元に一次元フーリエ変換して振幅をｄｃで正規化すればMTFが出るのはわかったのですが、振幅の求め方、「ｄｃ」が何なのか、とエクセルでのデータの正規化の仕方がわかりません。 振幅の計算式はわかったのですが、文献によって微妙に違ってたりでよくわかりません。 どなたかわかる方がいらっしゃいましたら解答を宜しくお願い致します。

  • ImageJの使い方についてお教え下さい

    ImageJを使ってフィルム上のウェスタンブロットのバンドを定量解析する際のご質問です（2つございます）。添付画像の上の写真のようなバンドを解析しておりますが、バンドが太く、隣のバンドとくっついています。 自分のいつものやり方では、細長い四角形で一番左側を囲んで、Analyze→Gels→Select First Laneで確定した後、隣のレーンにずらしてSelect Next Laneで確定し、すべてを確定した後、Prot Laneで表示し、出てきた山の底辺と思われるところに線を引いて、魔法の杖で山の面積を数値化したものをバンドの定量値としております。その際、図のようにバンドが隣と重なり、更にレーンの幅が異なる場合、最初に確定した四角形を隣にずらしただけでは、別のレーンのバンドにも四角形がはみ出るため、正確に数値化できません。(1)途中で四角形の幅を変更することもできないようですが、このような場合にはどのように調整をしたら宜しいでしょうか？(2)また左から5番目のように非特異なバンドが解析対象バンドのすぐそばにある場合、添付画像の下の図の通り、どこが底辺かわからないような山が出てきます。左の大きい山が解析対象の山ですが、すぐ隣の山との境目のところから真下に線を引いてアバウトな境界を作ってそこまでを解析対象の面積を見なしても宜しいでしょうか？本来ならブロットのフィルムの方をベストの解析しやすいコンディションにするべきでしょうが、今回のケースにはいつも頭を悩まされています。具体的な解決方法がございましたら、ぜひともご教示をお願い申し上げます。

注目のQ&A

カテゴリ

専門家に質問してみよう

職業から探して質問する

あなたにピッタリな商品が見つかる！ OKWAVEセレクト

質問する