• ベストアンサー

RNAの座標について

分子動力学のソフトウェア上でRNAの構造を作成しょうと思っています。 しかし、現在用いているソフトウェアにはデフォルトとして存在しておらず、非常に混迷の状態です。 そこで、1つ1つ原子を設定してRNAを最終的に作成していきたいと考えています。 論文等を見てもなかなかRNAの座標に関する情報がなく,つま続いています。RNAの座標を知っていらっしゃる方がいたら教えてください。 お願いします。

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
noname#246619
noname#246619
回答No.1

何をしたいのか分からないので分野違いかもしれませんが、PDBやNDBにあるデータを元にしたらよいのではないかと思われます。

全文を見る
すると、全ての回答が全文表示されます。

関連するQ&A

  • カーテシアン座標から分子構造の描画

    カーテシアン座標から分子構造の描画 論文等から引用してカーテシアン座標がわかっている場合に分子構造を描画する方法を教えて下さい。Winmostar、jmolを試しましたが使い方がよくわかりませんでした。描画方法まで詳しく教えて頂けると助かります。

  • RNAワクチンの発現分子機序について

    アメリカなどのメッセンジャーRNAワクチンのニュースで中和抗体ができたとか、ワクチン開発が成功したと聞きますが、調べたところ、元のRNAは新型コロナウイルスの受容体結合ドメインの一部で変異の少ない箇所を何か所か選ぶはずです。この部分が何らかの変異なり翻訳後修飾変化すると感染性がなくなるからです。このRNAの断片は今のバイオテクノロジーで作成できますが、その後は、高分子ミセルと免疫賦活作用のあるRNA情報を追加して血液中に投入すると考えました。その後、高分子ミセルに標的抗原をつけて体内の標的細胞を選択してるのか選択していないのか分かりませんが、細胞内にエンドサイトーシスで侵入後に高分子ミセルは分解してmRNAを細胞に放出するところまでは分かりました。しかし、その後の、翻訳因子の発動とペプチドの発現に至る過程が今の科学で詳しく分かっていないはずです。なぜ、タンパク質が発現して抗体が確認できるのでしょうか?もし、仮設でも分かる人がいれば教えてください。

  • 複雑な分子の構造を表示してくれるソフト

    いつもお世話になります。 先日、C60(フラーレン)のイラストを描いてほしいと教授に頼まれました。 水やトルエンのような簡単な構造の分子ならば手持ちのイラストレータを使用すれば簡単に作画出来ます。 しかし、フラーレンのような構成原子数が多く、かつ中空構造をもった分子のイラストを描くことは私には難しいです。 そこで、皆様が普段使用されているソフトウェアで、フラーレンのような複雑な分子を描くことが出来るソフトがあれば教えてください。 フリーウェアであると大変助かります。 よろしくお願い致します。

  • (大学受験)質問2つ

    浪人生で、センター化学は96でした。 よろしくお願いいたします。 ・ヨウ素デンプン反応について  問題集に、「ヨウ素分子はデンプン分子の螺旋構造に入り込み、青色に呈色するが、加熱すると熱運動によりヨウ素分子はデンプン分子から離れ、呈色しなくなる」と書いてありました。    疑問ですが、加熱してもしなくても、ヨウ素が分子として存在するのなら、どちらも青色をするはずだと思うのですが、どうなのでしょうか? ・フルクトースの鎖状構造における不斉炭素原子の数について   OH-CH2-CH(OH)-CH(OH)-CH(OH)-C(=O)-CH2-OH  上のような構造(間違っていたら指摘してください)で、左から2位、3位、4位の計3つが不斉炭素原子になるのは分かるのですが、問題集の解答では4つとなっています。  どう数えたら、4つになるのでしょうか? 

  • 英文和訳の添削をお願いします。

    It is generally belived that primordial creatures consisted of RNA, and that RNA as a molecular carrier of genomic information eventually was supplanted by DNA. RNA からなる生物、すなわち遺伝情報の分子キャリアーは結局はDNAに取って代わられた。 以上のように訳してみました。DNAに関する論文からです。eventually の位置はsupplanted の後ろに置く方が自然な気がするのですが、どうなんでしょうか

  • 分子式C(x)H(102)O(6)で示される油脂(

    分子式C(x)H(102)O(6)で示される油脂(グリセリド)がある。この油脂一分子には炭素原子間の二重結合が4個存在する。炭素数xはいくつか。ただし、構成する脂肪酸はすべて直鎖構造とする。 この問題がわからないです。おひえていただけないでしょうか。

  • 分子軌道法と混成軌道について

    ブルーバックスの付録でついてきたWinMOPAC3.0BBで分子軌道について遊んでいたのですが、わからなくなったので質問します。 メタンの分子を用いて混成軌道について考えようと思ったのですが、どの軌道が等価だからsp3混成なのかが良くわかりません。 いろいろ調べていると混成軌道は原子価結合理論に用いられているという情報もあったのですが、私の学校で使っている「現代の無機化学 共三出版」との矛盾が生じているのではっきりしたことがわからないので以下の3点の質問に答えて頂きたいです。 1.混成軌道の考え方が原子価結合理論だけの考え方ですか? 2.もし混成軌道が分子軌道法にも考え方として存在するなら原子価結合理論の混成軌道の考え方とはどう違うのですか? 3.もし混成軌道が原子価結合理論だけの考え方ならメタンなどの正四面体構造はどのように分子軌道法で説明がされるのですか? よろしくおねがいします。 p.s. WinMOPAC計算結果とHundの規則の矛盾ということで別の質問もしていますのでそちらにも答えて頂けると嬉しいです。

  • この生後問題の答えをぜひ!

    以下の8つの問いがそれぞれ正しいか間違っているかについて教えていただけると嬉しいです。 よろしくお願いします。 1生物を構成する生体高分子の中で最も含量が多いものは、遺伝情報の担い手と なる核酸である。 2非共有結合は弱い結合であるため、タンパク質の構造形成に影響を与えることはない。 3グルコースなどのアルドヘキソースには不斉炭素原子が4個存在する。 4セルロースはグルコースがα1→4結合で直鎖状につながった構造多糖の一種である。 5DNAは2重らせん構造をとっており、塩基はらせんの内部に存在する。 6DNAでは、アデニンとグルニン、シトシンとチミンが塩基対を形成する。 7DNAでは、塩基同士が水素結合で結合して塩基対を形成する。 8トリアシルグリセロールは、グリセロール1分子に3分子の脂肪酸がエーテル結合して できたものであり、エネルギーの貯蔵物質となる。

  • 原子は本当にあるものなんですか?

    水の分子は、1個の酸素原子に2個の水素原子が結合した構造をしていて、2個の水素原子は酸素原子を挟んで一直線上に並んでいるのではなく、「く」の字型に折れ曲がった形に結合していて、酸素原子の中心とそれぞれの水素原子の中心との間を直線で結ぶと、その2本の直線が成す角度は104.5度になっています。 という文章があったのですが、原子は実際に、「ある」ものなんですか? あるなら、それぞれはバラバラにあるけれど、どんなときもその位置関係を保っているのですか? それとも、テレビに出てくる科学者が持っている、アンテナ状の棒に、原子を表す紙粘土をくっつけたような模型、あれが大変小さくなって存在しているんですか?

  • 油脂と洗剤に関する問題なのですが、教えてください。

    高級脂肪酸とグリセリンとのエステルを油脂という。たとえば、トウモロコシ油は主に リノール酸C17H31COOHとオレイン酸C17H33COOHを含んでいる。 リノール酸1分子とオレイン酸2分子を含む油脂の構造異性体はいくつ存在し、 その構造の中に不斉炭素原子をもつものはいくつあるか。 また、このとき油脂1molに対して何molの水素が必要か。 考え方がよく分かりません。 詳しく教えてください!! よろしくお願いします!!

このQ&Aのポイント
  • TS6230でカセットからA4サイズの給紙をして印刷した場合に、紙面上の印刷開始位置が5mmほど給紙の先端側にずれてしまいます。
  • プリンタ後部の給紙口から用紙を挿入した場合には正常な位置に印刷されます。
  • このような位置ずれを調整することはできますか?また、プリンタのハードの故障でしょうか?
回答を見る