• 締切済み

★マイクロサテライトのアレルサイズの疑問★<再質問>

大変困っておりますので、皆様、ご教示のほど、宜しくお願いします↓  大学の実習でマイクロサテライト(SSR)を使った実験を何度か続けてきました。2bp(例えばACACAC…とか)のある配列の反復…と原著論文には書かれているマーカーで、ABIシーケンサーでジェノタイピングをするのですが、その際にアレルと思われるピークの出てくるサイズが2bpごとに綺麗に出るものがある一方で、所々1bpしか間隔を置かないで、次のアレルが出現する遺伝子座(マーカー)もあります。  マイクロサテライトはいわゆる「反復配列」ですので、普通は2bpごととか、3bpごととか、ある一定の間隔を持った周期性のあるアレルの出現が期待できそうですが、このように不規則な間隔を持って(例えば、サイズ100、102、104、105、107、108、110、113、114…といった位置にアレルが出てくる)出現するのは、どうしてでしょうか(こういうマーカーでも再現性はあるみたいですが)?  そしてこういうマーカーを使って研究を進めても特に問題は無いでしょうか?分からない事だらけなので、是非お教え頂けないでしょうか? ※以前、同内容に質問をしたものの、殆ど回答が得られなかったため、 再質問とさせていただくものです

みんなの回答

noname#86526
noname#86526
回答No.1

恐らくポリメラーゼのミスリーデイングではないでしょうか。 2塩基、3塩基の反復配列の場合に起こりやすい現象のため、通常は4塩基反復配列が個人識別に用いるキットでは利用されています。ABIのカタログで調べてみてください。またABIのテクニカルサポートに理由を聞いてみたらわかるのでは? 4塩基の反復配列で検討してみてはどうですか?

sapisapi
質問者

補足

ご回答ありがとうございます。 ポリメラーゼのミスリーディングということですが、再現性があるのは何故でしょうか? また、4塩基反復配列を…という話は初耳でした。勉強になります。ただ、ヒトやモデル生物の様に沢山マーカーが開発されている種ではないため、2、3塩基反復のマーカーしか使えるものが無いのが現状です。自分でマーカー開発からできればよいのですが、そこまでの自由は現在無いので…その範囲でどう対処すれば良いかを知りたいのですが。。

全文を見る
すると、全ての回答が全文表示されます。

関連するQ&A

  • ★マイクロサテライトのアレルサイズの疑問★

    大変困っておりますので、皆様、ご教示のほど、宜しくお願いします↓  大学の実習でマイクロサテライト(SSR)を使った実験を何度か続けてきました。ABIシーケンサーでジェノタイピングをするのですが、その際にアレルと思われるピークの出てくるサイズが2bpごとに綺麗に出るものがある一方で、所々1bpしか間隔を置かないで、次のアレルが出現する遺伝子座(マーカー)もあります。  マイクロサテライトはいわゆる「反復配列」ですので、普通は2bpごととか、3bpごととか、ある一定の間隔を持った周期性のあるアレルの出現が期待できそうですが、このように不規則な間隔を持って(例えば、サイズ100、102、104、105、107、108、110、113、114…といった位置にアレルが出てくる)出現するのは、どうしてでしょうか(こういうマーカーでも再現性はあるみたいですが)?  そしてこういうマーカーを使って研究を進めても特に問題は無いでしょうか?  分からない事だらけなので、是非お教え頂けないでしょうか?

  • ゲノム地図とマーカー

    分子生物学に関する質問です。 疾患遺伝子を同定する際に、その家系の患者に強く連鎖したマーカーをたどってその領域の配列を決定し、遺伝子を同定するということを知りました。その際に用いるゲノム地図は、制限地図からコンティグ地図、またマーカーはVNTRやマイクロサテライト、SNPsが用いられると書いてあります。これらのマーカーによる分解能の高い地図で遺伝子の同定ができることはわかりました。しかし、このVNTRをはじめとした各種マーカーはどうやってゲノム上にマッピングしたのでしょうか?これらのマーカーはゲノムライブラリーによってゲノムの配列がある程度分かった後でマッピングされ、用いられるようになったと考えて良いのでしょうか? どなたか教えて下さい。

  • シークエンス解析

    実験初心者でして分かりにくい質問であったなら申し訳ありません。大変初歩的な質問で恐縮です。 現在癌細胞を用いてシークエンスを行っています(ABI310)。PCRmixを作り、PCRをかけてDNAの増幅を確認して、その後PCR産物を100倍希釈してテンプレートDNAを作りプレミックス、プライマー、SDWを加えもう一度PCRをかけて、できたシークエンスPCR産物を精製しシークエンサーにかけ塩基配列を読み取る方法です。一回目のPCRではバンドは大変はっきりと見え増幅が確認できるのですが、シークエンサーで結果を見ると4色蛍光のうち、赤(T)のみほぼ真っ直ぐな波形でわずかにクネクネと山型をなしており、きれいな山型が出ません。他の3色についてはピークはそう高くはないのですが塩基配列は一応読み取れます。何度精製を念入りに行っても同じ結果で困っています。アドバイス頂ければ有難いです。

  • DNA抽出

    マイクロサテライトマーカーを用いたPCR法で2種類のイネのDNAバンドサイズを測定しました。2種類を6つずつ、全部で12サンプルのバンドサイズを測定しました。しかし、12サンプルの内の2サンプルだけ、バンドが現れませんでした。12サンプル同時に作製したので、手順の間違いは無かったと思うのですが…。。。 しかし、サンプルがでなかったのですから、なんらかの失敗があったことはまちがいないのです。 もしかしたら、DNA抽出時に2種類のサンプルがコンタミしてしまったのか、と考えたのですが…。自信も根拠もありません。 どのあたりで失敗したのか、 見当がつく方、どうか助言していただきたいです。

  • マイクロサテライトについて

    マイクロサテライトとは同じ繰り返しの非コードの部分で、個人を特定するのに使われているのと考えて良いのでしょうか?もちろんそれだけのためにあるのではないと思いますが。それに関連してハンチントン病もCAGの繰り返しが多すぎて疾患を起こすみたいな記述を。。。マイクロサテライトとハンチントンの関連性を教えてください

  • アレルクリーンっていいんですか

    ダニで困っています

  • アレルスイープ

    すばりアレルスイープの英訳は? 色々調べたのですがわかりません。

  • サテライトって何?>

     サッカー用語のサテライトって何?。

  • 車のサテライトスピーカーについての質問です。

    車の吊り下げ式のサテライトスピーカーを交換したいのですが、車用のサテライトスピーカーは良いのがなくホームオーディオ用のコンパクトなスピーカーを取り付けようと考えたのですが、可能でしょうか? 可能な場合車用と比べてデメリットはありますか?

  • 研究におけるアレルの意義

    現在アレル(対立遺伝子)について勉強しています。 様々な文献や教科書を読んでいて理解も深まってきたところなのです。しかし、アレルの生物学の研究上においての意義・重要性といった観点からの見解がいまいち不明瞭であります。自分なりに色々と考えたのですが、明確な答えが見つかりません。 どなたかアレルの重要性についてお答えできる方いらっしゃいませんでしょうか?