clustalwにいれる配列のフォーマットについて
- ClustalWを使用して遺伝子配列の比較を行いたい。遺伝子配列がGenbankから取得したものであり、ClustalWに正しくコピー＆ペーストできない問題が発生している。
- Genbankで検索した遺伝子配列をClustalWにコピー＆ペーストする方法を教えて欲しい。
- Genbankフォーマットではなく、FASTAフォーマットの遺伝子配列をClustalWに使用したい。FASTAフォーマットの遺伝子配列を検索できるサイトも教えて欲しい。
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clustalwにいれる配列のフォーマットについて
Clustalwを使って、２つの遺伝子配列を比べようと試みています。 チュートリアルを検索して、その中にあった FASTAフォーマットのサンプルの遺伝子配列を二つ比べたところ、問題なく結果を導きだしました。 しかし、Genbankから配列をコピーしてClustalwを使おうとしたところ、うまくいきません。 詳細を書かせていただきますと、genbankでnucleotideを検索して、 originの後にある１～//までをコピーして、 その間にあるスペースを全て消した配列を二つ並べました。 その結果、フォーマットが不明です、というメッセージが出てきました。 １ genbankで検索した遺伝子配列をどのようにclustalwにコピー、 ペーストしたらよいでしょうか？ ２ genbankに載っている配列は、genbankフォーマットといわれているものだと認識しております。 このgenbankフォーマットではなく、FASTAフォーマットのみ clustalWに使用できるのならば、 fastaフォーマットの遺伝子配列の検索ができるサイトを教えてください。 なにか不明な点がございましたら、聞いてください。 よろしくお願い致します。
- Mickey_Hashida
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clustalWは、いわゆるFastA形式が連なっているMultiFastA形式の配列以外は受け付けてくれません。 GenBankフォーマットから配列をそのまま取ってもうまくいきません。 たとえばNCBIで http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/viewer.fcgi?db=nuccore&id=1131756 このような形で検索結果を見ているのでしたら、DisplayのところでFASTAを選択すればFastA形式で配列を得ることができます。 大体FastA形式で配列を取得できるような仕組みがあると思うのですが・・・。 より原始的には、GenBank形式の塩基番号だけ手で消して、先頭行に適当にコメントを挿入すればよいです。 Genetyxのような配列処理ソフトウェアにコピー＆ペーストすることでも塩基番号の数字は消すことができます。（できないのもありますが）
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