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蛍光ダイデオキシ法
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ダイデオキシ法でDNAの伸張反応が止まるというところまでは理解できているのでしょうか。 その伸張が止まったDNA断片の長さを調べるために、 そのDNA断片に蛍光物質をつけて、電気泳動して移動度を調べるのが「ダイデオキシ法」です。 そのときに蛍光物質をDNAを増やすためのプライマーにつけておくのが「ダイプライマー法」です。 蛍光物質がプライマーについているので、 G,A,T、Cの4本のチューブに分けて、 それぞれにddG,ddA,ddT,ddCをいれて反応させて、別々のレーン(電気泳動するための)に泳動する必要があります。 それに対してddN(NはG,A,T,Cの全てが含まれていることを意味します)に蛍光物質をつけて反応させるのが 「ダイターミネーター法」です。 おそらく質問者さんの「蛍光ダイデオキシ法」はこれのことだと思います。 この場合は「ダイプライマー法」と同じくG,A,T,Cを4本のチューブにに分けて反応させることももちろん出来ますが、 4種類の蛍光物質をそれぞれのddNと結合させたものを使うことにより、 1本のチューブで反応させて、1つのレーンで泳動することが出来ます。 「蛍光ダイデオキシ法」とは別に放射性同位体を使ったダイデオキシ法があります。 これはプライマーダイ法と同様に4本のチューブにそれぞれのddNを入れて反応させますが、 このときにリンの放射性同位体である32P(32は上付き)を含んでいる[α-32P]dCTP(他のdNTPでもできます)をいれて反応させます。 DNA断片中に放射性同位体が取り込まれますので、 泳動後にX線フィルムに感光させて現像し、 それぞれのDNA断片の長さを調べます。 http://www.jpo.go.jp/shiryou/s_sonota/hyoujun_gijutsu/kakusan/0062.html http://www.mitils.co.jp/baio/topics/topics02_05.html http://hashi.agr.hokudai.ac.jp/kougi/kikibun.txt
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- TCA
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「ダイデオキシ」は「DyeDeoxy」と綴ります。「DyeDeoxy」もしくは「dye-deoxy」でGoogle検索をかけると、たくさんかかります。「Dye」は色素、「Deoxy」はdeoxynucleotide（以下dN ）です。つまりダイデオキシ法とは、色素の結合したdN（dyedeoxynucleotide、以下ddN）を使って配列を決定する方法です。 No1の方が書かれているとおり、dye primer法は反応ごとに色素を結合させたプライマーを合成しなければならないので、dye terminator法の法がよく使われています。 PCR（polymerase chain reaction）でDNAを増幅する時、dN同士が重合反応して長いDNAが増幅されます。ddN分子は色素がdN同士が結合するのに必要な部分に結合しているため、PCRの反応液中にddNが存在すると、ddNが結合したDNAはそれ以上増幅されなくなります。このときヌクレオチドの種類（A、T、G、C）ごとにddNの色を変えておけば、末端がそれぞれの色に着色されます。反応物を電気泳動すると、泳動距離はDNAの長さが長いほど短くなるので、ddNを取り込んだ末端がATGCの種類ごとに色分けされた泳動像が得られます。これを専用の機械で順番に読み取ることによって、PCRの鋳型として使用したDNAの配列を決定できます。
- MIYD
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ちょっと用語の使い分けがおかしかったので訂正 質問者さんは「蛍光ダイデオキシ法」という用語をどこで見たのでしょうか。 「蛍光ダイデオキシ法」と書いてあったので、蛍光ラベルされたダイデオキシヌクレオチドを使った方法と思って答えましたが、 「蛍光ダイデオキシ法」という言葉は、おそらく一般的には使われていません。 (googleで一つも引っかかりませんでした) そのためNo1で答えた定義と違う可能性があります。 蛍光標識されたダイデオキシヌクレオチドを使う方法と、 蛍光ラベルを使ったダイデオキシ法 の両方を意味している可能性があります。 DNA の塩基配列決定法には以下のような種類があります。 １． マクサム－ギルバート法 ２． ダイデオキシ法(サンガー法) ２．１ （古典的な）ダイデオキシ法 （DNAの伸張反応は１度だけ） ２．２ サイクルシークエンス法 (耐熱性DNAポリメラーゼを使うことにより、 何度も伸張反応が出来るので 少量の鋳型DNAから配列を決定できる) ２．２．１ ＲＩラベル法？ (DNAに32Pを取り込ませて検出する) ２．２．２ 蛍光法？ (●広義の蛍光ダイデオキシ法？) ２．２．２．１ プライマーダイ法 ２．２．２．２ ダイターミネーター法 (●狭義の蛍光ダイデオキシ法？) 「蛍光ダイデオキシ法」は上記のどちらかになると思います。
お礼
回答ありがとうございます。 蛍光ダイデオキシ法 という言葉は一般的ではないのですか…。 部活でDNAの勉強をしていて、塩基配列の解読をしています。その一連の操作のなかに、蛍光ダイデオキシ法というのがあったんです。 NO1の方で頂いた回答のように、ダイデオキシヌクレオチドを使った方法のようですが、今ひとつ理解が出来ず…。 学習した内容を、今度は説明しなければならないので…(><)
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