DNAシークエンシングについて

質問

微生物をシークエンスしたいのですが、素人では無理でしょうか？やはり大学や研究所にあるような装置が必要になるでしょうか？

回答No.5

noname#259842

再びno.2です。
補足部分に回答させていただきます。

１）遺伝的特徴付けを外注で済ませられるか？
厳密に言うと、正式な学名提案を視野に入れた場合、外注だけで済ませることはできないと思います。
分類群の密度にもよりますし、１つの遺伝子配列だけでは十分な系統解析ができないこともあります。その場合、いくつかのハウスキーピング遺伝子を用いた解析が必要となるでしょう。
それらを総合的に判断し、論文にまとめ、理論だてしなければならないので、系統解析を理解しする必要があります。
形だけ（＝データだけ）つくろっても、中身を理解していなければ科学の世界においての提案は通りません。

２）遺伝子解析が分類に大きく影響を及ぼし、それによって同種に異なる名前が付けられると言った事態は、少なくなったと思いますし、私の経験上、ほとんどないのではないかと思います。
ただし、全くなくなったと言い切れるわけでもないと思います。そういうことが起きないよう、個々の研究者の努力と見識の積み重ねによって今日の分類学は形作られていますが、全ての研究者が同じような志であるとも思えませんし、実際に幻滅するような内容の論文を目にすることが多いことも事実です。

３）上述した通り、分類学は積み重ねにより成り立ってきました。遺伝子解析、DNA・ゲノム情報は確かに見た目や成分分析よりも明瞭に菌株を区別する手段の一つであることは確かだと思います。
しかしながら、分類学に携わる一研究者として、私は古典分類法の必要性を強く支持しています。先人達の生物を観察する力は、非常に尊く、古典的な分類学の実験手法を継承する人が少なくなってきた現場では、その重要性が再認識されるべきあると考えています。
確かに、遺伝子での分類は、新参者には分かりやすくて、簡単かもしれない。でも、40億年かけて進化してきた細菌たちを相手にして、幸運にも、新種を発見した者としては、後世に残る学名とその菌株の特徴を丁寧に見つめ、記述した論文を残すことはある種の責任を負っていると考えています。
ですので、きちんと分類学に向き合う研究者がいれば、分類体系の変化は大きさに関係なく、絶え間なく起こるでしょうし、それは遺伝子を含むこれから新たに発見されるかもしれない指標を踏まえた形で起こるのではないでしょうか。
私個人としては、太古より生き続ける細菌たちの進化をDNA一つで、真に正しく理解することはできないのではと思いますが、今、我々がその進化を推測する手段としては最も信ぴょう性の高い指標の一つであると認識しています。

お礼

補足にも親切に回答していただき本当にありがとうございます。

お礼が遅れてしまい申し訳ありませんでした。

補足

お礼が遅くなってしまい申し訳ありませんでした。
あれから回答して頂いた内容について分からなかった部分を色々と調べてみたのですが、同定をして正式な学名をつけるのに、これほどの時間と労力と専門的な知識、技術が必要になってくるということにとても驚きました。
ここまで困難になってくると、「種の推定」のみで済ませてしまう学者や研究者が多く、細菌に学名をつけて正式な手続きに則って「新種の提案」まで行うような研究者はkotaro413さんのように細菌の「新種の提案」を専門的な仕事としている研究者以外はいないし、やらないのではないでしょうか？

また、私はバイオを専門にしているような企業や団体にいけば、正式な「新種の提案」をすることが出来るかもしれないと思っていたのですが、やはりそういうのは大学でしかやってないことなのでしょうか？