• 締切済み

Primer blastの結果

NCBIのprimer blastの結果で候補のプライマー配列がいくつか出たんですが、これはこのまま使用できるのでしょうか? 配列を相補的にする等の作業はいらないですか?

みんなの回答

回答No.1

そのまま使えるはずだけど、自分で確認した方がいいですよ。 BLAST の結果にプライマーの始点と終点の塩基番号が書いてありますから、元の配列のその場所を見てみれば確かめられます。 Forward Primer はプラス鎖なので元の配列そのままであれば良いし、Reverse Primer はマイナス鎖なので元の配列の Reverse Complement になっていれば良いです。

関連するQ&A

  • NCBIのBlast searchの結果

    NCBIのblast searchを行いある配列のヒトゲノムDNAとの相同性を見ました。 質問ですが結果のNW~、NM~、NT~などはなんでしょうか? サンプルの名前ですか?

  • PCRにおけるプライマーの作り方

    PCR反応において、例えば、5'末端からcactgtccttctgccatggcとgcaactagacgcagcccgcaとmRNAが並んでいて、これら二カ所をプライマーとして用いた場合二つのプライマーの塩基配列はどうなるのでしょう??それぞれに相補的な塩基配列になるのでしょうか??

  • RT-PCRにおけるプライマー設計について

    はじめてお世話になります。 通常のPCR時におけるプライマー設計は理解できるのですが、RT-PCRにおいては、はじまりが1本鎖のcDNAであるということでひっかかりを感じます。 cDNAの塩基配列がわかっていますのでそれをもとに遺伝子解析系のソフトを用いてプライマーを設計したところ、sense-primerの配列が、cDNAの相補鎖となるものと相補的になっていました。(anti senseのほうはcDNAと相補的だったのですが) 実験書を読むとsenseがまずcDNAとアニールして2本鎖になってから通常のPCRがはじまるというふうに理解できましたので、上記のプライマー設計ではPCRがおこらないということでしょうか? この場合はcDNAの相補鎖に対してプライマー設計をおこなえばよいのでしょうか。 それともこのままのプライマーでよろしいのでしょうか? よろしくお願いいたします。

  • ダイデオキシ法におけるプライマー配列について

    ダイデオキシ法におけるプライマー配列の設計は、フォアードプライマーは、目的の配列の3'→5'の前方に結合するように、リバースは相補鎖の5'→3'の向きで結合するように設計しますが、疑問があります。 (1)ダイデオキシ法は、普通のPCR(設計したプライマーで、はさまれた間が増幅される)と異なり、元のDNA鎖に何度もプライマーが結合し、その後にddNTPが結合して順番に塩基が読めるものと理解していて、出来上がった遺伝子断片に再び、プライマーが結合することはなく、もとのDNA鎖のみに何度も結合していくのですよね?この理解は正しいのでしょうか? (2)読めた配列のデーターに、プライマーの配列も読めるのでしょうか? プライマー以降にddNTPが結合していくので、プライマー自体は配列が読めない気がします。しかし、出来上がったプライマー+目的の配列を持ったDNA鎖に相補的にまたddNTPが結合すると、プライマーを含めた目的の配列が読める気がします。プライマーがなくてもddNTPは相補的な配列をもったDNA鎖に結合することができるのでしょうか?プライマーが結合し、そこからポリメラーゼが来て、dNTPを使って伸長反応をするので、プライマーがなくてもddNTPが結合して配列が読めるというのは間違っていますよね?設計したフォアードの配列がシークエンス結果の配列にあってなぜ読めるのか不思議になりました。 (3)伸長反応は酵素にもよりますが、全長は伸びず途中までしか読めないことから、シークエンス解析では、フォワードとリバースをプライマーに用意しますが、疑問があります。リバースを用いて読めた配列を反転し、フォワードを用いて読めた配列と結合するのは、機械が自動的にしてくれるのでしょうか? 頭がこんがらがってしまい、困っています。どなたかよろしくお願いします。

  • 塩基配列のBLAST解析

    シークエンス反応を通して塩基配列が決定されたものをBLAST解析して自分の精製した塩基配列がどのような遺伝子でどんな微生物に類似しているのかを同定したいのですが・・・ 塩基配列をNCBIからNucleotide BLASTのトップページで入力したところ、赤いバーのようなものが多数出たページと、Max identが97%などと出てくるページと、QueryとSbjctといった特定の塩基が結合しているようなページが出ました。 これらのページのどこを見て、どのような微生物と類似しているのかを調べたらいいのかがイマイチわかりません。英語ばかりで英語苦手な自分としてはなんともわかりにくい状態です。 特にどこ見て考えたらいいのでしょうか?わかりにくい質問かもしれないですが、よろしくお願いします。

  • PCRにおけるプライマーの作り方

    どうしても下記の問題の意図がわかりません。 プライマーの作り方のことですが ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――――― Q. この配列を増幅するときに必要なプライマーの組み合わせはどれか? 5’GAATTC――――――――――ATCCGA 3’ 3’CTTAAG――――――――――TAGGCT 5’ a 5’TCGGAT, 5’GAATTC b 5’AGCCTA, 5’CTTAAG c 5’AGCCTA, 5’GAATTC d 5’TCGGAT, 5’CTTAAG e 5’GAATTC, 5’CTTAAG ―――――――――――――――――――――――――――――――――――――――― という問題ですが、まず私の知識としては、 1)プライマーは2種類必要で、forwardと reverseのペアが必要 2)増幅対象の2本鎖DNAの両鎖それぞれの3'側と相補的な配列をプライマーとして用意する。 まず、 1本目 5’GAATTC――――――――――ATCCGA 3’                      ―TAGGCT5’ つまりプライマー1本目は ―5’TCGGAT 3’ → (答え) 2本目  3’CTTAAG――――――――――TAGGCT 5’  5’GAATTC 3’ プライマー2本目は ―5’GAATTC 3 → (答え) ですので、選択肢には答えが無く、しいていえばe)が最も近いのでそれを選ぶのが無難かと・・・・ 私の答えの出し方が間違っているのならどうかどこが間違っているか教えてください。 あと、参考書を買うほうがいいでしょうか?

  • プライマーの配列問題

    今、考えている問題なんですが。 ヒトのゲノムはほぼ3*10^9bpである。10塩基からなるプライマーと相補的な配列が、この中にいくつ現れるか計算しなさい(2本鎖であることを考慮すること)。ただし、4種の塩基の存在確率は等しいものと仮定する。 全く解くための方針が見つかりません。どなたかアドバイス頂けないでしょうか。

  • プライマー

    NESTEDまで行うPCRのプライマーを設計したのですが、実際行ってみると、NESTEDまでPCRを行ったものはくっきりとバンドが出でいたのですが、ファーストPCRを行っただけのPCR産物の方にはバンドがほんとにごくわずかしかでていません やり直した3回とも同じ結果です 以前ほかのものを行った時も、ほとんどバンドが出ないプライマーのセットがありました きちんと作成して、存在するはずの塩基配列のプライマーなのに、このようにPCRで増幅しにくいものがあるのはどうしてでしょうか

  • ゲノムとプライマーの配列問題

    今、考えている問題なんですが。 ヒトのゲノムはほぼ3*10^9bpである。10塩基からなるプライマーと相補的な配列が、この中にいくつ現れるか計算しなさい(2本鎖であることを考慮すること)。ただし、4種の塩基の存在確率は等しいものと仮定する。 これは題意として、いくつ現れるかといのは、期待値を聞いているのでしょうか? また、そうだとしても、全く解くための方針が見つかりません。どなたかアドバイス頂けないでしょうか。

  • 遺伝子解析

    ある論文で、「NCBIのGenbankデータベースで現在利用できる71のLactobacillus菌株のtuf遺伝子配列を解析することで、プライマーを作成した」とあります。ところが、試しにNCBIで「tuf lactobacillus delbrueckii」とうちこんでも20ほどしか検索結果がありませんでした。一体どういうことなのでしょう?教えて下さい。