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分子系統樹について質問です。
the_sphereの回答
「アライメントを取る」ことがわかっているのであれば、話は早いです。(全くの素人?) 僕の知識はちょっと古い(~00年代序盤)なのでちょっと調べましたが、前の回答でご紹介したページのなかの http://www.fifthdimension.jp/documents/molphytextbook/modelselection.pdf を読めばわかるんじゃないかと思います。今は「Kakusan3/Aminosan」というソフトがあって、それらでは異なる領域ごとに異なる分子進化モデルを適用して尤度を最大化したうえで、データを結合して再度、尤度を最大化して樹形を推定することが出来るようになっているようです。 ちなみに、昔(~10年前くらい)は、それぞれの領域での異なるモデルの適用などせず、アライメントを取った各領域をエディタで結合し、そのままソフトウェアに読み込ませて計算していました。更に、塩基、アミノ酸のシーケンスだけでなく、形態や生態的なデータを結合して解析していた例もあります。90年代の分子系統分類学の論文を読むと、「ホントにそれで正しい樹形を導けるの?」と思わずにはいられない、けれども当時としては画期的(に思えた…)手法が試行されていました。コンピュータのスピード・アップと共に、最尤法が主流となり、更に分子進化モデルを適用させないと云々の話が出てきて(00年代序盤)からは、数学的素養がないと何が何だかさっぱりという世界になったと思います。 なお、個々の言葉や手法については、専門書をお読みになるのがいいでしょう。分子進化の教科書的出版物では、ソフトウェアの利用法も同時に解説していると思います(本だとちょと古いこともありますが)。
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