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河川由来の微生物の同定方法とPCRにおけるプライマーの探し方
- 河川から採集した微生物の同定方法とプライマー探しについての質問です。ヒトに対して病原性を示す可能性のある大腸菌やカンピロバクター、チフス菌などがターゲットとなっており、R2A培地によるコロニー検出からPCR法による種特異的なプライマーを用いた同定を進めていく予定です。しかし、プライマーの探し方に苦戦しているため、迅速に探せるサイトや資料などについてのアドバイスを求めています。
- また、PCRにかける前のDNA抽出の方法についても知りたいです。多くの論文ではゲノムDNAに対して行われており、16S rDNAなどの解析に用いられていますが、細菌の持つプラスミドについてはDNA抽出ができるのか疑問です。もしおすすめのキットや方法があれば教えていただきたいです。
- 質問内容は微生物の同定方法とPCRのプライマー探し、そしてPCRにかける前のDNA抽出についてです。ヒトに対して病原性を示す可能性のある微生物を検出・同定するため、R2A培地とPCR法を使用します。しかし、プライマーの探し方に苦戦しており、迅速に情報を探せるサイトや資料についてアドバイスをいただけないかと思います。また、PCRにかける前のDNA抽出にはどのような方法が適しているのかも知りたいです。ゲノムDNAに対する抽出方法ではプラスミドの抽出ができないのか疑問です。おすすめのキットや方法があれば教えていただけると嬉しいです。
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