どんな菌がいるのかを調べる方法を教えてください！

質問

はじめまして質問します。
看護師さんが身に着けている時計を「滅菌済拭き取り綿棒」で拭き取り、それを生理食塩水に浸して、攪拌したものを-60℃で凍結保存しているサンプル（約1mL）があります。
このサンプルの中にはどんな菌がいるのかを調べたいと考えています（菌の同定）。
あと、メチシリン耐性黄色ブドウ球菌などがいないかも調べたいと考えています（mecA遺伝子の検出）。
そこで、どのような実験計画を練ればいいのが、まったくわからなくて頭を抱えています。

いま思いつくのは下記のとおりです↓
１．100μLほどサンプルを寒天培地にまく（何の培地かはわかりません？）
２．コロニーが出てきたら数個ピックアップして。。。これから先がまったくわからない状態です。

私は微生物学を学び始めた初心者の初心者です。
先輩方の詳しい知識をお貸し頂ければありがたいです。
よろしくお願い致しますm(_ _)m

回答No.5

elpkc · ベストアンサー

No.3の回答者です。
>遺伝子を調べて菌を同定できる手技を知っておきたいと思っています。

http://jpdb.nihs.go.jp/jp15/YAKKYOKUHOU15.pdf
の
1628/1786 ページに出でいます。
ページ数では、p1580です。
遺伝子解析による微生物迅速同定法が出ています。

お礼

elpkcさん、ご回答ありがとうございます！
参考ページの資料、すごいですね！
この参考書はなんて名前の本なんですかね？
とても参考になりました。なにかこれを見ているといろいろ実験できそうな気になってきました。。。私の感想はまだまだ素人意見ですかね。
本当にありがとうございます！
PCRを使うとなると例えばメチシリン耐性黄色ブドウ球菌のプライマー設計とかをしないといけないですよね。プライマー設計に頭抱えそうです。

回答No.4

kaonasi

回答欄で質問するのは規則違反かもしれませんが、回答されている方
にお聞きしたいのすが、マイナス６０度で保存している細菌は生きて
いるのですか？培養で増えるものでしょうか？
細菌は冷蔵さえも長くすると死んでしまうと聞いたことがあるもので
すから・・。

で、もし培養できなかったら、今はPCRという便利な方法があります。
下記のページで検出したい細菌のプローブを入手してPCRやればいい
と思うのですが。

参考URL：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

補足

kaonasiさんへ。
この質問欄を開設したkazu-22です。
凍結していると菌は死んでしまうんですか！休眠状態でいるので大丈夫かなと単純に考えて凍結保存してしまいました。もう保存して半年になります。
液体培地に生えた菌の保存は、滅菌済グリセロールを加えて冷凍保存していますが、これはだいぶ持つと先輩に言われました。今回は生理食塩水中にあるサンプルですのでグリセロールもなしでそのまま凍らせています。ダメかもしれないですね。。。

回答No.3

elpkc

No.1の自称専門家の
の方の回答の文献はお調べになろうという対象については、
あまり役に立たない書籍です。

どのような菌が居るかと全てを調べるのは非常に困難なので、
対象を決めてその菌がいるかどうかを確認する手法でないと調べられないとか考えられます。

MRSAの有無なら、
SAの分離用培地から、SAと思われる菌を分離。
簡易同定キットで、SAと確定。
次に、メチシリンを各種濃度添加した培地で、
培養し生育の有無で、耐性濃度が分かります。

お礼

elpkcさん、ご回答ありがとうございます。
なるほど、詳しくご回答して頂いて本当にありがとうございます！
簡易キットでやる方法はなかなか楽でいいですが、やっぱり私は微生物学を志してこの道に入ったので、遺伝子を調べて菌を同定できる手技を知っておきたいと思っています。
医療系でこの分野の実験をやられた先生方に聞いたのですが、「業者さんに外部委託した」という先生が大半でどうやって菌を同定したかは分からない人ばかりでした。
あと、耐性濃度を調べることはこの分野では重要なのですか？
耐性濃度を知ることで何かいいことがあるのでしょうか？
基本的なことがわかっていなくてすみません。

回答No.2

PaPaJohn

メチシリン耐性菌についてはブドウ球菌の選択分離培地にメチシリンを入れた物で培養したらあかん？
メチシリンの適正濃度は分からんので中途半端な回答やけど。
耐性菌なら生えてくるでしょ。
というかメジャーな耐性菌なのでそれ用の選択培地もあるような気もしますが。
日水とかに聞いてみたら？

お礼

PaPaJohnさんへ
なるほど、選択培地で培養するという方法がありますね。
文献や業者さんに選択培地をいろいろ聞いてみます。
でも、選択培地にはえた菌が本当にその菌かは遺伝子まで調べないといけないですよね。
それってシーケンスするんですよね？これまた私にはよくわからない分野です。
取りあえず選択培地と言う方法は忘れていました。
ありがとうございます。

回答No.1

noname#160321

以下のサイトでなく、最後の引用文献の中にある「実験法」の本を図書室で探して下さい。↓
http://ocw.kyoto-u.ac.jp/faculty-of-agriculture-jp/laboratory-course-in-applied-microbiology/pdf/7th.pdf

お礼

doc_sundayさん、ご回答ありがとうございます。
実験法はやまり先人の先生方の文献を検索してやる方がいいのですかね。
私はまだまだ文献検索が足りないのかも知れません。
ありがとうございました！