• ベストアンサー

NCBIでプロモーター領域の検索方法

質問です。 ある遺伝子について、既に報告されているプロモーター領域があります。 これをNCBIやMGI等のデータベースで検索する手順を知りたく思います。 どなたかご存知でしたらよろしくお願いします。

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
  • wa7779
  • ベストアンサー率53% (46/86)
回答No.1

自信はありませんが,これで調べられませんでしょうか.

参考URL:
http://dbtss.hgc.jp/cgi-bin/home.cgi?NMID=NM_015208
kudann2001
質問者

お礼

ありがとうございました。でもちょっと分からない、ですね。

関連するQ&A

  • プロモーター領域

    ある既知のタンパク質遺伝子のプロモーター領域の配列を知りたいというときにはどのように検索すればよろしいのでしょうか。 タンパク質そのものの配列までは調べられたのですが…その後がよくわからなくて。

  • プロモーター領域について

    現在、研究でとある遺伝子のクローニング実験を行っています。その遺伝子は、NCBIで調べ、その遺伝子の塩基配列が図示されました。その遺伝子の転写開始部位から下流に-10bpぐらいのとこからリバースプライマーを設計し、レフトプライマーを上流500、1000、2000bpで設計しました。なぜその遺伝子のプロモーター領域を増幅させるのでしょうか? また、DNAの転写因子の結合部位予測を調べる理由はなんなんでしょうか?プライマー3というサイトでプライマーデザインを行い、そこに表示されたプライマーを色々いじくり使用しているのですが。

  • プロモーターについて

    プロモーターについていくつか質問させていただきます。長文失礼します。 (1)ある遺伝子があります。そのmRNAの発現は器官特異的です。ということはその遺伝子のプロモーターは器官特異的プロモーターといえるのでしょうか? (2)ある遺伝子があります。その翻訳開始点(ATG)より上流の配列をプロモーターのモチーフ検索にかけて、どういうモチーフが上流にあって、いつ発現しそうなのか予想しようとしました。この時上流はどこまで調べればいいのでしょうか?ある程度の長さで行った結果かなりの数のモチーフが該当しました。これら全ての配列がその遺伝子のプロモーター領域として重要なのでしょうか?シス配列の向きは関係してくるのでしょうか? 以上です。 宜しくお願いします。

  • SNP データーベース

    ある遺伝子のプロモーター、エクソン領域のSNP解析をおこなうことになりました。 そこで、NCBIよりSNP情報を得ようとアクセスしたのでしたが、出てきた情報には非翻訳部位と一部のイントロンとエクソンの情報のみで、プロモーター領域に関しては情報を得ることが出来ませんでした。 そこで質問ですが、NCBI以外のSNPデーターベースでプロモーター領域まで網羅(エクソンなどの情報量も多ければなおいいのですが) しているサイトはないのでしょうか? ご存知の方がいらっしゃったら、教えてください。 できれば、簡単な使い方も教えていただけたら幸いです。

  • 遺伝子のプロモーター領域とメチル化に関する質問です

    プロモーター領域の中でも,特にヌクレオソーム非存在領域(nucleosome-depleted region: NDR)のメチル化が遺伝子発現の抑制に関与しているという説明文を見たのですが,『ヌクレオソーム非存在領域』の意味がいろいろ調べてみた結果よく分かりませんでした(調べ方が悪いのかもしれませんが,なかなか見つからなくて…) これはどういう領域を指しているのでしょうか? ご存知の方がいらっしゃいましたらご教示お願いいたします.

  • 遺伝子のORFより上流の領域の検索について

    遺伝子の相同性検索ですが、コード領域はDDBJなどでホモロジーサーチをかければよいのですが、ORFより上流の領域(プロモータ配列)などはどこかにデータベースがあるのでしょうか。 ある遺伝子の上流を単離したのですが、どういうモチーフがあるかなどを知りたいのです。(どこにTATAboxがある可能性があるか、などの情報が欲しいのです) ご存じの方おりましたら、よろしくお願いします。

  • NCBIでの検索

    NCBIを検索するとATCC11842の全ゲノムの解析がされているようで、非常に多数の遺伝子の塩基配列が出てきました。そこでなんですが、この場合、16S-23SrRNAスペーサー領域の塩基配列も分かるのですか?また、分かる場合は、その調べ方も知りたいです。よろしくお願いいたします。

  • プロモーター解析

    全くの素人です。遺伝子工学ハンドブックを購入しだいそちらも参考にしますが、今はまだないので教えていただければと思います。 レポーター遺伝子つきのベクターに調節領域を挿入して対象細胞での発現を見る方法は分かったのですが、その他の方法で混乱してしまいました。S1マッピングという方法がありますが、参考書の図を見ても理解できませんでした。これは、プロモーター領域を含む5'プローブでmRNAとハイブリダイズさせた後、S1で切ってハイブリダイズした部分だけを電気泳動しているようですが、プローブをDNA上の調節領域とmRNAコード配列の境界となるように設計して、電気泳動でのサイズからその部位(転写開始点やスプライス部位など)を調べるということで良いのでしょうか?この場合は当然転写調節の標的となるmRNAを用いると思いますが、レポーターアッセイの場合はこのmRNAがGFPやルシフェラーゼになっている訳ですよね?  また電気泳動でサイズが分かったら、標的調節領域に変異を導入して詳しい機能を調べるという手順でしょうか? 実験せずに想像で書いていますので、誤りを指摘して下さると助かります。

  • 配列検索の仕方

    dopachrome tautomerase遺伝子のプロモーター領域の配列を手に入れたいのですが、http://genome.ucsc.eduで探せるとのことなんですが、探し方が分かりません。どなたか教えていただけませんか?

  • 遺伝子のプロモーターの転写因子結合サイトの検索方法

    ある遺伝子がどのような転写因子によって制御されているか知りたいのですが、遺伝子の名前だけで制御に関与する転写因子を予測してくれるようなサイトはあるのでしょうか? あるいは、ある遺伝子のプロモータ領域の塩基配列を調べて、TESSなどの予測サイトで検索する方法を取る場合、どのようにしてプロモータ領域の塩基配列を入手すればよいのでしょうか? よろしくお願いいたします。