遺伝子カタログ

質問

ある植物の花弁で発現しているすべての遺伝子のカタログを作りたいのですが、どういった実験手順をとればよいのでしょうか。分子生物学の基礎知識もとても十分とはいえない状態ですので、参考になる文献等も教えていただけるとありがたく思います。よろしくお願いいたします。

回答No.1

geneticist12

それは、既知の情報がどれだけあるかによりますね。
極端な話、ゲノムプロジェクト、cDNAプロジェクトが完了していて、市販品のマイクロアレイでもあったら、1ヶ月もかからずに仕事がおわってしまいます（笑）

常識的なところで、
１）花弁からmRNAを精製して、cDNAライブラリーを作る。
２）個々のクローンを（スクリーニングすることなしに）片っ端からピックアップする。
３）クローンを培養してDNAを精製する。または、PCRでcDNAインサートを増幅する。
４）cDNA末端のシークエンスをする。

cDNA末端のシークエンスを特に、EST (Expression Sequence Tag)といいます。全長がわからなくても、ESTがわかれば、何の遺伝子かわかることが多いですし、わからなくても、同じ遺伝子由来のもの同士を分類することができます。未知の遺伝子で、同定が必要なら、さらに内側や、全長のシースエンスをします。
同じ遺伝子由来のものがとれる頻度が、遺伝子の発現量を反映します。たくさんやれば、発現している遺伝子のカタログの出来上がりです。
花弁という特殊で限られた組織ですから、発現している遺伝子はそんなに多くないでしょう。数百から数千クローン拾えば、発現量のすくないものも、網羅できるのではないでしょうか。

ショウジョウバエのゲノムプロジェクトのサイトですが、参考になるでしょうか↓

参考URL：

http://www.fruitfly.org/DGC/index.html