RAPDとPCRの違いについて

質問

RAPDもPCRもDNAの増大の為に用いる方法だと習いました。
実習ではDNAの判定を確認する前にRAPDを実施した後にPCRを行いました。そもそもDNAの増大をするのであれば、なぜ最初からPCRしないのか？そこが腑に落ちません。
RAPDとPCRの違いがどうも理解できてないのですが、その違いについて教えて頂けますでしょうか？
これからはPCRする前に必ずRAPDをした方がいいのでしょうか？

回答No.1

pfarm · ベストアンサー

RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) と PCR (Polymerase Chain Reaction) は、両方ともDNAの増幅に利用される方法ですが、その目的や手法には違いがあります。
RAPDは、ランダムなプライマーと呼ばれる短いDNA配列を用いて、ランダムにゲノム中の領域を増幅する手法です。つまり、どの領域が増幅されるかをある程度予測することはできません。RAPDは、ゲノムの全体像を知りたい場合に有用で、特定の遺伝子の検出には向いていません。
一方、PCRは、ターゲットDNA配列の増幅に特化した手法で、特定の領域のDNAを増幅することができます。PCRは、DNA配列が既知の遺伝子の検出や遺伝子の解析に適しています。

PCRとRAPDは、同じDNAを増幅することができますが、PCRの方が特定の領域を増幅するため、目的に合わせたプライマーを選択することができます。そのため、PCRはRAPDよりも選択性が高く、より精確な解析が可能です。
RAPDは、PCRに比べて手軽で安価であることが利点で、ある程度の分子量の範囲であれば多様な種に対して利用できます。しかし、PCRに比べて再現性が低く、同じ条件下で繰り返し行っても異なる結果になることがあるため、解析目的によってはPCRを用いた方がより適切な場合があります。
つまり、RAPDとPCRは、目的に応じて使い分けることが重要であり、必ずしもどちらか一方を優先するわけではありません。あなたが行う実験の目的によって、RAPDとPCRのどちらかを選択することが適切かどうかを検討する必要があります。