- 締切済み
taqという酵素の名前は二義的なんですか
制限酵素とDNAポリメラーゼとの両方に使われておりますよね、 後ろにIとかの番号の有無は別として。 何で混乱を招く命名になっておりますか。 明け方に検索していてぼけておりましたら済みませんが、 何度探し回っても両方に出てくるようなので理解の混乱を解決してください。
- 生物学
- 回答数4
- ありがとう数4
- みんなの回答 （4）
- 専門家の回答
みんなの回答
分かりました。余計は話は抜きにします。 酵素の名前に酵素の由来する細菌の短縮名が付記されることで、酵素を一義的に指定できるからです。 逆にTaqは細菌の短縮名でしかないので、それだけでは酵素を一義的に指定しません。 例えばDNA polymeraseの場合、Taqの記載がなければ由来が分からず、逆に混乱を生じます。 E.coli DNA polymeraseと比較すれば分かりますが、その特性は全然異なります。 それでは両者に別個の名前を割り振れば良い、というご意見のようですが、 かえって混乱を招くとは思いませんか？ DNA polymeraseだけでどれだけの種のものがあるかを考えると…気が遠くなります。 現行の表記の方が分かりやすく、合目的的だと思いますがいかがでしょうか。 平たく言えば、「酢酸ナトリウムと酢酸カリウムが紛らわしい」と言うのと一緒かと。 性質を示す上で仕方ないことだと思います。
- Tacosan
- ベストアンサー率23% (3656/15482)
そもそも「taq」自体は酵素の名前なんかじゃない. TaqI とか Taq polymerase とかが酵素の名前.
TaqはThermus aquaticusという細菌の名前を短縮したものです。 由来する細菌の短縮名を酵素の名前に使うことは一般的で便宜上としか言い様がありません。 制限酵素のTaqI, PCRで活躍するTaq DNA polymeraseの他、Taq DNA ligaseといった他の酵素でも見られます。 検索で余計なものを拾ってこないようにするには、 例えばGoogleでは"TaqI"なり"Taq DNA polymerase"という風にダブルクオーテーションで区切って記述することで 一連のワードとして検索する方法があります。 PubMedなどでも記述法は違いますが同様の検索方法があります。
お礼
語源はどこにでも載っております。 また、検索法を尋ねてはおりません。 違う働きの酵素に同じ名前が付いている理由が知りたいのです。
- Tacosan
- ベストアンサー率23% (3656/15482)
とりあえず http://en.wikipedia.org/wiki/Thermus_aquaticus を読んでみたらどうだろうか.
お礼
wikiは英語版の翻訳が日本語版なのかと思っておりましたがぜんぜん違いますね。 しかし、命名法の問題の解説は有りません。
関連するQ&A
- 大腸菌の校正について質問です
大腸菌の校正において、原核生物のDNA合成を触媒する主な酵素であるDNAポリメラーゼIIIの5-3エキソヌクレアーゼ活性により誤ったヌクレオチドを除去されると言う、記述は正しいでしょうか。 DNA合成を触媒する主な酵素を新生鎖の合成を可能とするのがDNAポリメラーゼIIIだと思うのですが…… 大腸菌が複製におけるエラーを防ぐ校正ではDNAポリメラーゼIによる3-5エキソヌクレアーゼ活性によって誤って取り込まれたヌクレオチドが除かれるでよいでしょうか？ 校正に主に関わるのはDNAポリメラーゼIだと思うのが理由です。 文献を調べてみてもはっきりと答えがでません。 よろしくお願いいたします。
- 締切済み
- 生物学
- ランダムプライマー法におけるKlenow酵素の意義について
大学の実習でサザンハイブリダイゼーションを行っているのですが、それに用いるプローブを標識するために、Klenow酵素を利用したランダムプライマー法を用いています。そこで思ったのですが、ランダムプライマー法によるプローブの標識において用いるものはKlenow酵素でないといけないのでしょうか。DNAポリメラーゼIを用いると何か不都合が生じるのでしょうか。どなたか教えて下さるとありがたいです。
- ベストアンサー
- 生物学
- 末端複製問題について
テロメアの末端複製問題がよく分かりません。 ラギング鎖ではDNAポリメラーゼがRNAプライマーを分解して、その後、DNAに置き換えるということは、末端もポリメラーゼが置き換えたら問題ないのでは？と最初、疑問に思いましたが、あるHPで 「RNAプライマーは、それ自身を合成したDNA合成酵素複合体により最終的にDNAに置き換えられるのではなく、より上流より合成を進めてきた別のDNA合成酵素複合体によって消化された上、DNAに置き換えられる」 http://www.lif.kyoto-u.ac.jp/labs/fish/cancer/genomeOS/Go-4.html と書かれてあるのをみて、ポリメラーゼの性質上、合成することができないのでしょうか？ 基本的なことかもしれませんが、なぜ他の酵素でできないのか分からなかったので宜しくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- 制限酵素の謎
(1)ある実験において、2種類の制限酵素を用いてあるDNAを切断しました（AとBとします）。16時間とかなり長く反応時間を与えたため、DNAバンドはゲルの下方に確認され、『これはスター活性が起きた』と判断しました。 (2)後日。 スター活性を恐れた自分は反応時間を10時間以内に抑え、同条件でもう一度制限酵素処理を試みました。結果、前回よりもゲル上方にバンドが確認でき、完全ではないが『スター活性はある程度改善された』と判断しました。 (3)そして昨日。 制限酵素A抜きに、BだけでDNAを切断する反応を時間別に行ないました(1h,3h,6h,9h,16h)。これは『制限酵素Bがスター活性を起し始める』と考えられる反応時間を明らかにするため行ないました。結果、長時間反応させたにも関わらず、どの反応時間でも問題なく切断が行なわれていました。 以上の実験より、自分はこの様に考えています。 ・(1)(2)において。２種類の制限酵素を用いたため、グリセロール濃度が上昇した。よってスター活性が起こり易く、反応時間別の影響が大きい。 素人考えですが、自分なりの解釈です。その他に考えられる理由や経験をお持ちの方、ぜひお聞かせください。m(__)M
- ベストアンサー
- 生物学
- leading鎖のプライマーはどうなるの？
DNAの複製の辺りを勉強していて、ふと疑問になりました。 DNAの複製で、leading鎖にもプライマーは必要ですよね。このプライマーも最終的には除去されてDNA鎖に置き換わるんでしょうか？ というかならないと明らかにまずいし。 単純に考えると、プライマーを除去してしまえば3'OHがなくなってしまうから、DNAポリメラーゼはその部分のDNA鎖を合成することは出来ないですよね。 （3'→5'ポリメラーゼ活性がある酵素でもあれば別ですけど、多分無いですよね） 少しうーんと考えて思いついたんですが、複製起点を挟んだleading鎖の向こう側にはlagging鎖があるから、そっちの3'末端から5'→3'ポリメラーゼ活性で連結するんですかね。 詳しい方いらっしゃいましたら、よろしくご教授願いますm(_ _)m
- ベストアンサー
- 生物学
- ＤＮＡポリメラーゼの種類について
ＤＮＡ合成の勉強をしていて混乱しています。 ＤＮＡポリメラーゼはＩ，ＩＩＩ と呼ばれているものは大腸菌にあるもので人のような真核生物にはαとかβとかいうものに区別されている、という認識は誤っているのでしょうか？
- ベストアンサー
- 生物学
- PCR産物4の制限酵素処理について
ヒトの細胞からゲノムDNAを抽出し、PCRにて増やしたDNAを制限酵素処理しているのですが、上手くいきません。どなたかご指摘の方お願いします。 制限酵素名：KpnI 10×L buffer 1μL PCR産物（フェノクロ処理、エタ沈、真空乾燥し滅菌水に溶かしたもの) 8μL KpnI 1μL 反応時間：1時間 これで行っているのですが全く切れません。試しに一日置いたのですが、全く一緒でした。 ちなみにKpnIは別の人が、プラスミドを切るのに使って、成功したので、失活はないと考えられます。 また、PCR産物も確認したところ目的とするものでしたので、PCRは成功してます。
- 締切済み
- 生物学
- ２つの制限酵素を使った制限酵素処理が成功しません。
制限酵素処理後にアガロースゲル電気泳動を行ったのですが、目的の断片が確認できません。 ○反応溶液（DNA 5ug/H Buffer 1ug/BSA 1ug/BstEII 0.5ug/mili Q 2.5ug） →60℃ overnight(20h)Incubate →反応溶液にBstX I 0.5ugを加える →37℃ overnight(20h)Incubate →Loading Bufferを加えてアガロースゲルで電気泳動 はじめは以上の概要でIncubateする時間を20hではなく1hで行いましたが、目的断片を確認できませんでした。 そこで反応時間を20hにしたのですが、上手くいきませんでした。 疑問があるのですが、 (1)はじめに混合する試薬の量を間違えているのでしょうか？ (2)制限酵素を加える度にBufferを加えるのでしょうか？ また何か実験が成功しない理由として、お気づきの点があれば教えていただけると幸いです。 よろしくお願いします。
- 締切済み
- 生物学
- 組換えプラスミドベクターを制限酵素処理する実験から得られることは
実験から自分で判断しなければいけない問題があるのですがよく理解できないのでわかりやすく教えてもらえると助かります。 実験の概要は以下です。 まず、PCR法でE coli LE392の16srRNA部分をターゲットとして増幅させます。その後、(A)プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)と(B)PCR法で増幅させたE coli LE392の16srRNA部分を制限酵素XhoIで処理します。 その後プラスミドベクターpBluescriptIIKS(-)（制限酵素処理済）とE coli LE392の16srRNA部分（制限酵素処理済）を混合させ、ライゲーション反応を起こさせ、プラスミドベクターとPCR増幅部分を結合させます。その後、この混合液をコンピテントセルに挿入し形質転換させます。 ここまでで組換え体を作っています。 その後、コンピテントセルからプラスミドを抽出します。 最終的に生成された組換えプラスミドDNA溶液を(1)XhoIと(2)EcoRIの制限酵素で処理したものをつくりアガロースゲル電気泳動で泳動後、バンドの位置を確認するというものです。 ここで、問題が出てくるのですが、組換えプラスミドをXhoIとEcoRIで制限酵素処理しますがベクターpBluescriptIIKS(-)に対しPCR産物がどういう向き（センス、アンチセンス）で入っているのかを調べないといけません。 どのように考えたらいいのか教えてください。
- ベストアンサー
- 生物学
お礼
私がこの質問を上げたきっかけは 後ろにpolyなどの機能説明用の文字を付けずにTaqだけで polymeraseを表したつもりになっている 試薬屋がほとんどであるからです。 命名（表記）規則違反で混乱を生じさせているのかもと思いまして。 論文では正しく表記して有るかは調べておりません。