- 締切済み
分子生物学 一つのコンティグに付き出来るORF
一つのコンティグ(塩基配列)に付き、ORFを探そうとすると6つの読み枠が出来ると思うのですが、 この場合正しい読み枠は二種類でいいんでしょうか？ それともまったく関係ないのでしょうか？ 教えてください。 また、調べるのによい参考書や、参考書の単元もあればお願いします＞＜
- amyamyadad
- お礼率80% (12/15)
- 生物学
- 回答数1
- ありがとう数0
- みんなの回答 （1）
- 専門家の回答
みんなの回答
- guragura77
- ベストアンサー率68% (153/225)
コンティグというのはオーバーラップする塩基配列を繋ぎ合わせて作られた1本の塩基配列のことで、タンパク質をコードしているかどうかなんて関係ありませんから、「正しい読み枠」はあるかもしれないし、ないかもしれないし、幾つもあることもあるでしょう。 この手の知識を参考書から学んだ事が無いので何を読めば良いのかわかりませんが、バイオインフォマティクス関係の書物に載っているかもしれません。
関連するQ&A
- 分子生物学の問題で、至急お願いします！
(エキソンの塩基配列) 5-GCATCCCCTACATCGAGACCTCGGCCAAGACC-3 (上記の鋳型=相補鎖) 3-CGTAGGGGATGTAGCTCTGGAGCCGGTTCTGG-5 エキソンの塩基配列の相補鎖が鋳型となると、問題には書かれてあったのですが、その場合、その鋳型は上記のであっていますか？ また、このエキソンの塩基配列には開始コドンってありますか？ エキソンの塩基配列は問題中に書かれてあったものです。
- 締切済み
- 生物学
- 分子生物学の実験が行き詰まりました。
タイトルの通りです。手順は以下のとおりです。 一、ホストベクターをXbaIで切断。PCI抽出とエタ沈で精製。 二、導入したいインサートの形が「NheI切断末端ー(導入したい塩基配列)ーXbaI認識配列ーApaI切断末端」となっているので、先に片方だけをライゲーションして、泳動。切り出し精製する。 ⇨NheI,XbaIの切断部位は相補配列となるから結合する。 三、全体として「(ホストベクター)ー(導入したい塩基配列)ーXbaI認識配列ーApaI切断末端」となっているので、今度はXbaIで切断を行い、電気泳動。ゲル精製。 四、ライゲーションして環状化。 以上が作成の流れなのですが、これを大腸菌に導入して、生成したコロニーのPCRを行うと、セルフライゲーションらしきバンドが得られます。 自分の考えとしては、二、の時のライゲーション産物の泳動を確認して見ると、環状化されたプラスミドは確認できておらず、目的の長さのバンド(5385bp)と、わずかに10kbp付近にバンド得られたので、ホストベクターとインサートはうまくライゲーションが出来たのではないかと考えましたが、それではセルフライゲーションが起きる原因が思い浮かびません。 かれこれこの作業は1ヶ月近く続いており、いまだ目的産物が見つからない状態です。どなたかアドバイスをお願いします！どなたか助けてー。
- ベストアンサー
- 生物学
- Ｅｎｓｅｍｂｌのデータ
Ensemblのたんぱく質のデータはＤＮＡより６通りの読み枠で考えて、実際に遺伝子として一個のタンパク質をコードしている読み枠（ＯＲＦ）のものだけ集めたものですか？ Ensembl(http://www.ensembl.org/index.html)のBIOMARTからさまざまな生物種の塩基配列やたんぱく質のデータがダウンロードできます。DNAは２本鎖ですので、実際に蛋白質の情報が格納されているのは、相補的な逆鎖の可能性もあります。その場合にも、３通りの読み枠が考えられますから、方向が正しいと言う情報が無い限り、合計６通りの読み枠が考えられます。ながながとなりましたが、どうぞ宜しくお願いいたします。
- 締切済み
- 生物学
- 高校生物のゲノムの問題 お願いします。
問 1 ( 1 ) ヒトとチンパンジーのゲノムの塩基配列を比較すると約1.2%の違いがある。両種のゲノムの塩基配列は30億の塩基対 で構成されるとすると、両種のゲノム間の塩基配列において異なる塩基対の総数を求めよ。 ( 2 ) ヒトどうしのゲノムの塩基配列の比較では平均0.05%の塩基対に違いがあるとされる。このとき、同じ遺伝子(相同遺伝子)の塩基配列には、平均何個の塩基対の違いがあるか求めよ。ただし、ヒトゲノムには2万個の遺伝子が存在し、遺伝子がのっている領域はゲノムの3%とする。端数が出た場合は、四捨五入して小数点以下第二位まで求めよ。
- ベストアンサー
- 生物学
- 遺伝子のORFより上流の領域の検索について
遺伝子の相同性検索ですが、コード領域はDDBJなどでホモロジーサーチをかければよいのですが、ORFより上流の領域（プロモータ配列）などはどこかにデータベースがあるのでしょうか。 ある遺伝子の上流を単離したのですが、どういうモチーフがあるかなどを知りたいのです。（どこにTATAboxがある可能性があるか、などの情報が欲しいのです） ご存じの方おりましたら、よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- 分子生物学の問題です
分子生物学の問題です。 同じ、あるいは類似の問題が本試験に出るそうなので解答を教えてくださいm(_ _)m 問題1 大腸菌のある遺伝子のセンス鎖の5’および3’領域のDNA配列を下記に示す。なお、四角で囲った塩基は転写開始点である。問いに答えなさい。 5’－GACTTAGCTGCTACTGTTGACTAATTGACAAGTCGAGTTATAATATGCTACTAT GCATGACTAGGAGGTCAGCTATGGCGACAGCCTTAAGCTATGCTTAAGCTATGCTT－(N)n－GGCGCAAGGTCAGCCGGATGCTCCTTTTTTTTACTGTAG－3’ １）下線の配列について解説しなさい。 ２）この遺伝子の開始コドンおよび終始コドンとして最も妥当なものを四角で囲みなさい。 ３）ターミネーター配列を下線で示しなさい。またこの領域が転写されたときにできるRNAの構造（配列および２次構造）を示しなさい。 ４）太字で示す配列の名称、特徴および機能について述べなさい。 ５）このmRNAが翻訳されたときにできるタンパク質のN末端５個のアミノ酸配列、およびC末端５個のアミノ酸配列を記しなさい。 問題２ 二本鎖DNAの溶液をある条件にするとDNAは一本鎖に解離する。この現象を何というか。ある条件とは何か。また、その条件でDNAが一本鎖に解離する理由を述べよ。 問題３ 細胞内におけるRNA構造の特徴をDNA構造と対比して述べよ。 問題４ DNA複製には多数の酵素が働いている。それらの酵素を３つ取り上げ、それぞれの酵素のDNA複製における役割を述べよ。 問題５ ミスセンス変異およびフレームシフト変異とは何か。一般にどちらの変異が細胞への影響が大きいかを、その理由とともに述べよ。 問題６ 生物はDNAに生じたさまざまな傷害を修復する機構を備えている。これらの修復機構に欠陥が生じるとどのような不都合が起こるかについて考察しなさい。 補足
- 締切済み
- 生物学
