シーケンスの解析に使うclustalWでは何ができるんですか？基本的な

質問

シーケンスの解析に使うclustalWでは何ができるんですか？基本的な質問で恐縮ですが、よろしくお願いします。

回答No.1

ankh00 · ベストアンサー

シーケンス同士の重ね合わせ（アライメント）を行うプログラムです．重ね合わせてみることで、シーケンス間に共通する配列や残基、類似性の高い領域、モチーフなどを探知することができます．

補足

回答ありがとうございます。ついでに,お聞きしてもよろしいでしょうか。
『シーケンス　アライメント』で検索すると、アライメントを作成できるフリーソフトが結構ある気がするのですが、あえてclustalWを用いる理由は何なんでしょうか？

回答No.2

ankh00

>あえてclustalWを用いる理由は何なんでしょうか？
ClustalWは1990年頃（だったかな？）とかなり早い時期からある、大量の配列データを一度に処理できる、系統的解析に適している、等の理由で幅広く使われてきています．GenomeNetやEBIから簡単にアクセスできる、という利便性もあります．そういう理由から、配列のアライメントでは非常にスタンダードな、みんなが知っているツールになっており、
「あえて特別な理由がなければ、ClustalWでよい」
というのが実情だと思いますが．

アライメントには幾つかのアルゴリズムがあり、ClustalWはProgressiveですが、他にはHMMやら遺伝的アルゴリズムやら種類が豊富にあります．解析の目的や結果に応じてこれらのアルゴリズムを使い分ける、というのは、バイオインフォマティクスの世界では普通に行われています．

お礼

大変良く分かりました。補足での質問にも関らず、お答え頂きありがとうございました。