- ベストアンサー
サザンブロットのプローブを作るんですが
(1)どのように作ればよろしいんでしょうか？ (2)5'側のプローブと3'側のプローブはどちらも必要なんでしょうか？ 凄い基礎的な質問をしてしまい申し訳ないと思うのですが、私が所属する研究室でサザンをやっている人がいないことや指導担当の先輩・技官さんがいないので質問させていただきました。 回答宜しくお願いします。
- 生物学
- 回答数2
- ありがとう数1
- みんなの回答 （2）
- 専門家の回答
質問者が選んだベストアンサー
１の答えですが、一般的にサザンのプローブはFISHなどと異なり、業者に発注するのではなく、PCR産物を用います。PCR産物をプローブに用いるので、当然なにかしらの修飾が必要ですが、この方法は色々あります。特定配列（70-200bp、300とかでも多分いける。定量PCRのPCRをそのまま流用すると楽）のPCRを行い、そのPCRの際に標識されたdNTPを用いることで、PCR産物に蛍光修飾するやりかたや、PCR産物を後処理してらべりんぐするやり方があります。（1の方の参考URLは後者ですね。使っているのはクローニングしたプラスミドですが） というわけで、2の答えですが、たぶんセンス鎖とアンチセンス鎖に結合するものの2種類を作らなければいけないのか、という質問だと思うのですが、両方使うことになりますね。二本鎖を泳動して、メンブレンに移すので、片側のプローブどちらかだけでも理論上は大丈夫ですが、プロトコル的に両方のプローブを使うことになります。
その他の回答 (1)
- owata-www
- ベストアンサー率33% (645/1954)
(1)はともかく(2)の意味が分からないので、とりあえず丸投げします http://www.iam.u-tokyo.ac.jp/bnsikato/protocol/b3.html
関連するQ&A
- 卒業研究で
サザンブロットを行うことになったのですが、 サザンブロットに関して詳しく記述してある書籍が、私が所属している大学の図書館にはなく、理解できないでいます。 実際にどのようにプローブを作製したりするのか？ などがわからないままでは実験を進めていけないので、実験例を載せてあるwebページなどがありましたら教えてください。 指導教官に聞きなさいなどの意見もあると思いますが、私を指導してくれる指導教官は、研究室内でも指導しない、指導をしたがらない人として有名で、私が今やっているテーマを以前やっていた先輩もその人から指導を受けたことはほぼ０に等しく自力でやってきたといっていました。 また、その指導教官自身も研究テーマを与えられているので、私に構っている時間は無いものといってもいいくらい時間が無い人なのです。 ですから自分で調べられることは自分で調べてから質問しないといけない状況なので、宜しくお願いいたします。
- ベストアンサー
- 生物学
- ゲノムサザンのコピー数
職場の研究でゲノムサザンをすることになりました。 その際のコピーマーカー数を決めなければならないのですが、よくわかりません。 研究自体は初めてで、サザンブロットという言葉すら先日初めて聞いたぐらいです。 大変申し訳ありませんがご指導のほうお願いします。 条件 元々のDNAは1μg/μlで約6000bp 元々のDNA 0.5μgを使って切り出しましたた 切り出したDNAは約1000bp 切り出して回収したDNAは現在TEに溶かしてあります 上記の中には何コピーあるのかということを悩んでいます。 自分で調べたり考えたものでは、 アボガドロ定数と1bpの分子量が650ということです。 アボガドロという知識が全くなく、考えあぐねています。 もし、全くぜんぜん違うおかしい事を言っていたらすみません。
- 締切済み
- 生物学
- サザンハイブリッド法について質問です。大学の授業で習ったのですが、
サザンハイブリッド法について質問です。大学の授業で習ったのですが、 プローブ作成について、どのような塩基を作ればよいかがわかりません。 下記の問について説明していただける方、ご回答お待ちしています。 問：仮想上の遺伝病について、遺伝子Ａに異常があることが分かった。 また、調べられた患者の遺伝子はすべて変異1，2のいずれかであった。 どのようなプローブを作成すれば最も効率よく正常かそうでないかを 識別できるかを考え、そのプローブの塩基配列を答えよ。（全角英字が変異している部分） 正常遺伝子Ａ CGATCCTTGATCAGGATTTCGA・・・ 変異1 CGAＣＴＧＡＣＡＧＡCAGGATTTCGA・・・ 変異2 CGATCCTTＴＣＡＴＴＣＡＧTTTCGA・・・ 解答：ACTA(他の回答例もありましたら教えてください。)
- 締切済み
- 生物学
- 基板へのプローブコンタクトでフラックス接触不良に…
基板へのプローブコンタクトでフラックス接触不良について 大変申し訳ございません。カテゴリー変更で再度質問させてください。 PCBA検査用ファンクションテスタ(FT)のハンドプレス式ですが、タイトルの通り、フラックスによるものと思われる接触不良で困っています。DIP式コネクタのリード部にプローブを当てるのですが、鉛フリー半田になってから誤判定が多くなっています。(フラックス残渣？) コネクタはフローによる半田付けです。 プローブのコンタクト位置は正確に出ているようです。プレスを何度もガチャガチャさせるとPASSすることがあります。 色々な質問を検索していたところ、フラックスに強い回転式のプローブやギザギザ山形状のプローブがあると調べました。具体的にどこのメーカーのどんな型番のものがあるのか、どなかたご存知の方ご教授頂けないでしょうか。 また、個人的見解ですが、フラックス対策で選ぶプローブ形状としてはクラウンタイプでギザギザ山が多い方がいいのかなと思っているのですがこの認識は合ってますでしょうか？フラックス対策の正しい認識を教えてください。 お忙しいところ恐れ入りますが、ご指導ご鞭撻のほどお願い致します。
- 締切済み
- その他（FA・自動化）
- ウェスタンブロットについて質問です
私が所属している大学の研究室ではSDS-PAGE→メンブレンへの転写→一次抗体反応→二次抗体反応→DAB染色の手順でウェスタンブロットを行なっています。 そこで質問ですが、タンパク質をメンブレンへ転写後にそのメンブレンをストックすることはできるのでしょうか？また、ストックできるのであればどのような方法でストックすればよいのでしょうか？ どなたか回答よろしくお願いします。
- ベストアンサー
- 生物学
- Western Blot 数値化について
研究でWestern Blotを行うことになりました。 専門分野でないため、実験で利用している先輩などもおらず、どうにかやっている状況なのですが、データの解析方法がいまいちよく理解できないので、質問させていただきました。 ほとんど、無知なため、書いている内容などが食い違う部分や、不明な点とうあると思いますが、ご指摘いただければと思います。ご了承ください。 現状ですが、練習して化学発光でバンドを出し撮影するところまでは出来ています。いろいろよんでImage Jで山を作って面積を求めたり、濃さを測定したり・・・ありますが、実際どの方法を取るのがよいのでしょうか？目的によって変わるものでしょうか？ 実際、Westernのデータは私の研究では裏付けデータとして利用したいと考えています。 そこまで細かくなくても、ある程度の値が出せれば・・・と思うのですが、その場合、電気泳動時に何か既知のものを一緒に流したりするのでしょうか？ そのあたりが全く分からなくて困っています。 勉強不足で申し訳ありませんが、回答よろしくお願いします。
- 締切済み
- 科学
- サザンの野外ライブ（名古屋）
16日にはじめてのサザン＆野外ライブに行きます。 それで、席がまぁまぁいい感じのところだったんですけど このライブって開演は17：30ごろなのに会場は13：00くらいですよね。 なんでなんでしょう？？人が多いから？ それとも前のほうの席の人たちは先に入らないと後から入れないとか・・？ 16時過ぎに着けばちょうどかなって思ってたんですけどどうなんでしょう・・。 他にも何かサザンor野外ライブについて豆知識もあればご回答ください。 このイベントについて既にいくつか質問が出ているようですが 訊きたいことについての書き込みがなかったようなので 新しく質問させてもらいました。
- ベストアンサー
- その他（趣味・娯楽・エンターテイメント）
- サザンブロット法って・・・？
私は、大学１年で生物を専攻しているものです。授業ででてきた内容についてですが、サザンブロット法というのは、いったいどういったものなのですか？？僕の認識では、さまざまなDNA断片を区別する方法なのかなと思っています。サザンブロット法は何を知るためにあって、具体的にどういう風にその方法をするのか教えてほしいです。手元に専門書はあって、DNAプローブとかハイブリット二本鎖など書いてありますが、あまりにもこんがらがってしまうのでわかりやすくおしえてほしいです。すみません。あと、ノーザンブロット法やウエスタンブロット法との関係おおしえてください。おねがいします。
- 締切済み
- 生物学
- ダウンタウンの浜ちゃんとかサザンの桑田さんって
ダウンタウンの浜ちゃんとかサザンの桑田さんって結婚してかなりたっていて高収入なのに浮気とかの話が全然ないですよね？ 私が知らないだけ？ 浮気をしない真面目な人？ 浮気はあったけどお金でもみ消した？ あと、織田裕二とか福山雅治とかもかっこいいし、そこそこな年齢なのに結婚どころか彼女の噂も聞いたことがないので気になります。 くだらない質問で申し訳ありませんが、よろしくお願い致します。
- ベストアンサー
- 俳優・女優
お礼
回答ありがとうございます。 両方のプローブが必要なんですか。 んー、面倒な実験ですね。 とりあえず自分が行うサザンのプローブ作りでは、マウスのゲノムから特定の遺伝子配列をＦ、Ｒプライマーで増幅して、その増幅産物をＤＩＧまたはＲＩ修飾されたdNTPをもちいて作製するとのことです。 頑張ってみようと思います。 回答ありがとうございました！
補足
再回答いただけますととても助かります。 私が実施している卒業研究では、マウスの遺伝子解析（サザン＆PCR）をして、条件に合ったものを交配にかけ目的のマウスを作り出すことにあります。 PCRでは目的の遺伝子領域を確認できたのですが、それだけでは遺伝子の解析としては不十分ということで、サザンをやることになり、以前質問をしました。 それで新たに質問なんですが、 ゲノムサザンではRIのほうが効率がいいのでしょうか？ うちの研究室ではRIを推奨しているのですが、東京大学の核内情報研究分野ではDIGでやっても結果は大差ないとおっしゃっています。 どうなんでしょうか？ CTABさんの経験的にはどちらがいいと思われますか？ わたしは安全性の面などからDIGを使用したいのですが、RIをすすめられているので何とも言えない状況になっています。 またサザンのプローブの作成についてですが、 私の考えでは5'、3'側の両方のプローブを作成するためにゲノムから直接、5'、3'のプローブ領域とする遺伝子配列の外側をそれぞれ特異的なプライマーを設計し、それでPCRを行うことで目的とする遺伝子領域の断片（プローブ領域）を作成しました。 自分が設計したプライマーでの増幅はうまく成功し、ゲル抽出をして、次にシークエンス解析を行うことで正しく増幅されたかどうかを確認しようとしています（2009/1/23現在）。 この方法で作成した断片をプローブにしようと思うのですが、この遺伝断片をRI修飾、またはDIG標識をするのはどのように実施するのでしょうか？ DIGではPCRの際に化学修飾された塩基をPCR反応溶液に混ぜ合わせることでPCRが終了した時点でプローブができると思われます。 しかしながらRIではそんなことができるとは思えません。 どのようにやるかどうかも教えてもらえず困惑しています。 頼れるのは自分だけという状況であり、なぜ卒業研究でまともな指導の一つも受けられないのかがわかりませんが。。。 何度も基礎的な質問をしてすいません。 実際に研究室でサザンをやっている人がいないので頼れる人がいないので質問させていただいてます。 回答よろしくお願いいたします。