チェックディスクが走っているようです。
前回正常にシャットダウンできなかったとみなされたわけですが、毎期同時に行われてしまう場合は、きちんと対処なさったほうがよろしいかと思われます。

Windowsの起動時に、ドライブにダーティビットがセットされているかどうかをチェックします。このダーティビットってのは、正常にシャットダウンした場合はシャットダウンと同時に削除され、記録されません。ところが、通常のシャットダウン行程をたどれなかった時などにこのダーティビットが残ってしまう（ダーティビットがセットされる、と表現することもあるからややこしい）事があります。セットされていた場合は起動の直前にCHKDSKが実行されるようにWindowsは作られてます。

※ダーティビットのセットは
fsutil dirty query ドライブ名:
で確認することができます（←WindowsXPの場合のみ）。
"ボリューム - c: は Dirty ではありません"とか
"ボリューム - c: は Dirty です"と表示されます。

何度正常にシャットダウンしても起動時にCHKDSKが実行されてしまう場合いくつか確認/修復すべき部分があります。

1.まずはレジストリの不具合に起因してる場合。
原因まではわかりません。エラー時にレジストリの値が不正なものになってしまうのか、しょっちゅう書き換えてるキーだけど、不正な電源断のために書き込み内容が正常なものに書き換えられなかったのか、その辺は識者が解説してくれるでしょう。とりあえずはレジストリエディタで以下のキーを確認しちゃいましょ。（Windows2000ではregdt32.exeで確認すること。詳細はこの記事の〆切サソのコメント参照）
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Session Manager\
このキーまでたどり、右ウインドウにある「BootExecute」の値が「autocheck autochk *」かどうかを確認します。もし違ってたらこの値に書き換えてみてください。ディスクに不具合がない場合、起動時にチェックディスクが走るという不具合が解決されると思われます。

2.「コマンドプロンプト」を立ち上げ、以下のように入力してください。
chkntfs H:
「H:」の部分は、問題が発生するドライブ名を入力して下さい。
最後にEnterを入力した瞬間、「Chkdskを実行するように、手動でスケジュールされています」と表示された場合、実はそのドライブにダーティビットがセットされたまま消えていないことになります。このダーティビットをクリアしたい場合、OSが起動した後でOS上からチェックディスクを「不良セクタをスキャンし、回復する」と「ファイルシステムエラーを自動的に修復する」のチェックボックスにチェックを入れてスケジュールしてください。
次回起動時にエラーを回復してくれる・・・ハズです。

その後、確認のためにまた「コマンドプロンプト」を立ち上げ、もう一度
chkntfs H: を試します。
「H:は正常です」と表示されたなら、ダーティビットは消え去っていますので、次回起動時からはチェックディスクは走らないハズです。

3.しかし、chkntfs H: でメッセージが最初から「正常です」と表示される場合や、何回再起動しても起動時にチェックディスクが走る場合には、もう一度コマンドプロンプトで
chkdsk H: /f /r
と入力し、次回起動時に一度だけ「チェックディスク」を行うように命令します。これでボリュームのダーティビットはクリアされ、トラブルは解消され・・・・ない場合は、ドライブに物理的破損が生じている可能性があります。