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USBにインストールします。 USBに/etcなどというディレクトリがあるはずですが、そこにインストールされます。
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ものによるかと思います。 追加のアプリケーションインストールができない（アプリケーションをすべて組み込んだ状態で、再度パッケージを組みなおす必要がある）作りになっているものもあるでしょうし、 ある程度はユーザのデータを保存できるものもあったかと思います。 （私が使っていたものは、ＵＳＢメモリスティック上にユーザ用の領域をとれるようになっていました。） が、Windows用のパーティションにインストールするような設定になっているものはまずなさそうに思います。
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