代謝経路の有機酸の名前

質問

CAM経路についてググっていたら，個人のサイトが多かったのでリンクは示しませんが，
たとえばリンゴ酸なら，
下記a)の書きかたが多く，一部b)もあり，c)は見なかったです．
a)は名前と英名，示性式が対応してなく，b), c)はしてます．

a)
名前；リンゴ酸
英名；Marate
示性式；-OOC-CH(OH)-CH2-COO-

b)
名前；リンゴ酸
英名；Maric acid
示性式；HOOC-CH(OH)-CH2-COOH

c)
名前；リンゴ酸イオン
英名；Marate
示性式；-OOC-CH(OH)-CH2-COO-

質問
（ア）英名，構造式（上記では示性式）と異なる名前を使うことが多いのはなぜでしょうか？
酸，陰イオンの状態に関わらず，代表して有機酸の名前を書いてるのでしょうか？
（イ）構造式に陰イオンが書かれることが多いのはなぜでしょうか？
生体を pH = 7 の水とすると，有機酸は，酸でなく，陰イオンで存在するからでしょうか？

回答No.1

lupin__X · ベストアンサー

(ア)
中性分子・イオンを区別できないから・区別する必要がないから。
日本名・英語名も短い方が使われやすい。両方を一致させなくても
本質的に差がないから。個々の差に関係なく全体として説明。
a)で構わないし、c)は必要ない。

(イ)
陰イオンの相手は、水素イオンに限らず、ナトリウムイオンも
ありえるから。一部中和されてて pH7 付近とか説明しやすい。

お礼

明確なお答えを頂き，ありがとうございます．
質問（ア），（イ）ともに理解できました．

質問（ア）
＞両方を一致させなくても本質的に差がないから。
について，わかりました．
以下その辺に関する愚痴です．
・a) b) とも，英名と示性式（構造式）は対応してるのに，
a) は名前と示性式（構造式）が対応してないので，
違和感がありました．
「リンゴ酸」の文字列を見たとき，パッと
HOOC-CH(OH)-CH2-COO- + H2O ←→-OOC-CH(OH)-CH2-COO- + H30+, pKa2 = 5.13
が頭に浮かべば，違和感を感じないのかもしれません．
オレは浮かばなかったので不思議に思いました．
解決してもアタマに向いた言葉と思わないです．
示性式（構造式）と対応した名前を書いてくれれば，深入りしなくてもいいのになぁと思いました.

・また質問しなかったですが，代謝マップに，構造式が中性分子で書かれているものもあれば，イオンで書かれているものもあるのがありました．
最初はなぜか全く分からず，調べるうちに8割ぐらい納得する理由を思いついたのですが，明確な答えはわからず，答えを見るまで，不気味でした．
素人のために，表記を統一してくれればなぁと思いました．