借地権を第三者に対抗するためには？
お世話になります
現在、両親は借地に父名義の建物を建てています。
土地の所有者は母の姉の夫（以下、義理の兄とします）であり、母の姉夫婦には子供はいませんが、
義理の兄には既に他界した兄弟がおり、その子供がいます。（父から見て義理の甥っ子）
今般、父が「借りっぱなしの状態では」と義理の兄に当該土地を購入する意思を伝えました。
価格交渉になるわけですが、双方の希望価格に乖離があり
万が一交渉が決裂した場合、父は最悪のケース借地権者のままでもいいと決めているようです。
もし義理の兄が死亡した場合、相続が発生します。
相続人は母の姉と甥っ子になりますが、最初に父が当該土地を購入する意思を告げた際に
義理の兄が
「私が生きているうちは問題ないが、私が死んで相続となった場合、ここの土地は甥っ子に相続する予定なので(面識もない)甥っ子と揉める可能性がある」 と言われました。
確かに両親は義理の兄の子供たちとは面識もなく当然そうなると思います。
義理の兄の相続が発生した場合に甥っ子たちに父の借地権を主張するためにはどうすればいいでしょうか？
ちょっと調べたところ、「借地権の登記をしていなくても借地人が相当の権利金を支払い決められた地代を支払っていれば借地権を第三者に対抗できる」とありました。
質問です
1：土地の所有者の相続人もその第三者に含まれるのでしょうか？
2：借地権を登記するとなった場合にはどんな書類が必要でしょうか？
3：下記の情報に於いて「これは変だ」というところがありましたら指摘してください
【情報】(的外れな情報もあるかも知れませんが)
●土地賃貸契約書上では父が借地人で、現在の建物は父名義
●以前はこの土地に義理の兄名義の建物が建っておりそこに両親が家賃を支払って住んでいた
●数年経ってその建物を解体し、父名義の居宅を建てる際に宅地使用権利金の名目で10,000千円支払った（支払い時の相続路線価は90Ｅ・土地の広さ165平米）
●権利金の領収書は5,200千円と4,800千円の2枚ある
●なぜか土地賃貸契約書に記載されている権利金は5,200千円となっている
●年間の地代は当該土地の固定資産税と同額程度
●義理の兄夫婦は投資に詳しく税理士と契約し毎年申告をしている
10,000千円支払ったのに契約上は5,200千円という件がひっかかっています
よろしくお願いします
お礼
ありがとうございました。