ウェスタンとCBB染色のマーカーについて

質問

ウェスタンブロッティングとCBB染色でタンパク質のバンドの位置が異なります。

私は分子量22kDaのタンパク質を扱っているのですが、SDS-PAGE後CBB染色をするとマーカーの20kDaよりも下にバンドが出てきます。
しかし、SDS-PAGE後ウェスタンブロッティングすると、普通に20kDaより上にバンドが出るようになります。
それぞれ使っているマーカーは異なるのですが、こんなにもずれが生じるものなのでしょうか。

回答No.1

browntraut · ベストアンサー

PAGEを終えたあとのゲルを直染めするとCBB、膜に転写するとウェスタンということですので、
目的タンパクのサイズが変わることはありません。

考えられることは、
１）マーカーサイズが微妙である。
同じマーカー例えば、ビオチン化スタンダードなどでCBBでもウェスタンでも使えるものでやってみる。

２）それでも、分子量が違うのであれば、素直に別のタンパクだったということでしょう。
タンパクが粗精製レベルで、大多数は20kDaの目的ではないタンパクなのですが、
特異的抗体で染めると目的のタンパクが可視化できるという。

CBBで見えるレベルのタンパク量はウェスタンには濃すぎます。
その辺のバンドの濃淡などの兼ね合いは問題ありませんか？

お礼

回答ありがとうございます。お礼が遅くなり申し訳ありません。
同じサンプルでやったのでCBBで見えたものとウェスタンで見えたものは違うものかもしれませんね。
ウェスタンがうまくできていないのかもしれないです。
一度二つのマーカーを使ってSDS-PAGEしてCBB染色したいと思います。