モル吸光係数

質問

アミノ酸配列からモル吸光係数を求めるサイトを教えてください。

回答No.3

ryumu

お礼中の問に対する回答です。

ペプチド結合の吸収を用いた研究論文については見たことがないですが、
研究の上で目安に使うことはあります。

ペプチド結合の紫外吸収は１９０～２２０nm付近に現れます。
モル吸光係数は、やはりおかれている環境によって異なるのですが、１０の３乗のオーダーのようです。

で、先の回答にも書きましたが、モル吸光係数はその原因となる分子の取り囲まれる環境によって変化し得ます。
とくに、蛋白質分子では高次構造をとったことによる電子状態変化も関与するので、a-kumaさんのご紹介のサイトでの値から少々ずれてもおかしくはありません。
実際、論文で紹介されるモル吸光係数が妙に切れのいい値（45000とか）だったりしますが、これも細かい数字は略しているのです。

お礼

重ね重ねありがとうございます。ペプチド結合の検出は合成ペプチドの逆相クロマトによる分離のとき用いますね。モル吸光係数も、計算値ですからその精度を考えると有効数字二桁が精一杯でしょうね。これからもよろしくお願いいたします。