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cDNAライブラリーの冗長度について
はじめまして。 cDNAライブラリーから遺伝子のスクリーニングをしようとしております。 その際、cDNAプールにある冗長性を考え、検体数を決めなくてはいけない と考えています。 近年、数々の生物のcDNA解析(EST等)が実施されていると思いますが、 経験的にcDNAプール(ノーマライズなどの加工をしていない)の何割が 非冗長性なクローンなのでしょうか?もちろん、cDNAを作製する際に用い た材料にもよるとは思いますが。。。 アドバイス頂ける方がおられましたら、よろしくお願いします!
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お礼
ご回答ありがとうございます。 おっしゃるとおり、遺伝子がアバンダントに発現している細胞を使うことがベストかと思います。 ただし、残念なことにターゲットとなる遺伝子が発現量も含め全くの未知です。よって、その発現量が 最低1分子はあると推定した時、それを確実に取るためには幾つクローンを解析すればよいのか?? 昨今、様々なモデル生物などでEST解析が実施され、その非冗長クローン配列が公開されていると思い ます。例えば、左記結果を得るために幾つクローンを解析したか?などの経験談みたいなのはご存知で しょうか?