現在マウスの胚盤胞からtotal RNAの精製→定量実験を行っています

質問

現在マウスの胚盤胞からtotal RNAの精製→定量実験を行っています。
最終的にはマイクロアレイにかける予定です。
（数十個～100個近く集めるので、例えばsingle-cellを増幅するような特別な方法はとりません。）
その定量が、今うまくいっておりません。
blastocyst 1個＝2 ngだそうなので、30個＝60 ngとして精製していますが、
微量専用の電気泳動で定量すると、数ngと出てしまいます。
brain total RNA60ngをcontolとして同様の処理を行うと、そちらは多少のロスがあるものの、
リーズナブルな量が定量できます。胚になるとどうもダメなようです。
リアルタイムPCRしても、やはり狙ったサイクル数より多くなってしまいました。

マウス胚は、IVFした後胚盤胞まで培養し、少量の培養液と共にエッペンチューブに移し、
すぐにTrizol 200ulを足してよくピペッティング→-80℃保存、という形で回収しています。
いつも培地からそのままエッペンに移しているので、
回収時にmineral oilが含まれているとダメかと思い、brainのサンプルをwith oilバージョンで
試したのですが、non-oil バージョンと収率は変わりませんでした。

哺乳類の胚あるいは卵からtotal RNAを精製し、定量したことのある方、
ご存知のことがあれば教えて頂ければと思います。
よろしくお願い致します。

回答No.2

nayu-nayu

RNeasy Micro Kitを進めたのは経験上、Trizolよりも効率よく採取できるからです。
初期胚からとったことはありませんが、TrizolだとDNase処理まで含むとかなりロスすると思います。

もしかしてRNeasy Micro Kitの遠心を４℃で行っているということはありませんか？
（遠心は室温で行うプロトコールだったと思います）

解決しなければココでの質問を締め切った後に「バイオテックフォーラム」で質問してみてはいかがでしょうか。

回答No.1

nayu-nayu

RNeasy Micro Kitを使ったほうが良いと思います。

補足

以前RNeasy Micro Kitを使ってみたのですが，それでも収率は数ngでした。
カラムを使うと，どうも膜へのRNAのひっかかりが気になり，
結局今はTrizolで行っております。
nayu-nayuさんがなぜRNeasyを勧めてくださるのか，
その理由を教えて頂ければと思います。