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alternative splicing? artifact?

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あるもののcDNAをRT-PCRで作りました。
得られたクローンの多くはデータベースにある配列と同じでしたが、中にひとつ、42塩基短いものがありました。問題のクローンで欠失している部分と、その前後の配列は、ゲノム上でも連続しており、スプライシングのコンセンサス配列は存在していませんでした。

これはよくある現象なのでしょうか。またその原因は次のどれと考えられるでしょうか。

1) コンセンサス配列が全くないところでスプライスされることがたまにある。

2) RT時に逆転写酵素が高次構造をとっている部分を読み飛ばした。

3) PCR時に読み飛ばしが起こった。
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どのように短いのかにもよりますが 転写途中のmRNAだった。 あるいはmRNAがたまたま切れた、 とかいうのはどうですか?
どのように短いのかにもよりますが
転写途中のmRNAだった。
あるいはmRNAがたまたま切れた、
とかいうのはどうですか?
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