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PCRとプライマーの融解温度

今度の化学の実験でDNAの電気泳動実験をやります。課題で、調べてプライマーの融解温度を計算しなければならないのですが、いろいろ調べてみても計算の仕方がよくわかりません。 プライマーの配列は Primer#1:5'-GATGAGTTCGTGTCCGTACAACTGG-3' Primer#1:5'-GGTTATCGAAATCAGCCACAGCGCC-3' で、使う式は Tm=81.5+16.6×logO.047+0.41×GC%-500/n なんですが、このGC%とnと5'(3')の意味がよくわかりません。どうやって求めるのでしょうか?初心者でもわかるように教えていただけないでしょうか?

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  • Dr_Hyper
  • ベストアンサー率41% (2482/6031)
回答No.3

Tm(℃)=81.5+16.6*log[S]+0.41*(%GC)-(500/n) の計算式が大元で、 [S]   :塩のモル数  (%GC) :オリゴヌクレオチド中のGとC含量(%) n    :オリゴヌクレオチドの長さ(pb) となっています。塩濃度[S]は通常Na+イオンのモル濃度を差すがPCR反応液の場合次のルールで計算します。 1. K+イオンはそのまま加算する。 2. Trisイオンは0.65倍して加算する。 3. Mg2+イオンは計算に入れない。 たとえば、PCRバッファーの塩濃度が以下の場合には 50mM KCl 10mMTris-HCl (pH 8.4~9.0 at 25 ℃) 1.5mM MgCl2 なので、[S] = 0.05 + 0.67*.01 = 0.0567 (M) よって、計算式は Tm(℃)=60.8+0.41*(%GC)-(500/n) となりますね。ご参考までに。 まあ参考URLに配列をいれると大体の値は出してくれるのですが。。。。 教育的にはどうかともいますけど。

参考URL:
http://www.riken.go.jp/lab-www/help2/members/kagawa/tmnumber.html
hotdog_ski
質問者

お礼

ご親切にありがとうございました。大変勉強になりました

その他の回答 (2)

  • otx
  • ベストアンサー率44% (256/576)
回答No.2

忘れていました。 5’、3’ですが、 この図を参照してください。 http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/1/1d/AGCT_DNA_mini.png この図で小さく5’、3’と書いてあると思います。このことです。 簡単に言うと、 DNAはヌクレオチドからできていますが、それが結合するのは そのリン酸と糖のところです。 化学はよくわからないので下記のURLを参照してください。 http://mambo.kuhp.kyoto-u.ac.jp/~nonn/cpu/3.htm Tm値を出すのには関係ありません。

hotdog_ski
質問者

お礼

勉強になりました!

  • otx
  • ベストアンサー率44% (256/576)
回答No.1

GC%というのは、そのものズバリ プライマーの中のGとCの含まれる割合です。 GとCを数えてすべての塩基数で割ってパーセントを出すだけですよ。 nはプライマーの塩基数です。数えるだけです。

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