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DNSキャッシュをクリアしたいのですが
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- OKwebb
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とあるサーバー（Aサーバー）はDNSサーバなのでしょうか？ 多分違うのではないかと思いますが。 とあるサーバー（Aサーバー）がみているDNSサーバのキャッシュをクリアしなければいけないと思います。 そのDNSサーバは何が使われていますか？ BINDでしょうか？ バージョンは何でしょうか？ BINDであればrndcあたりのコマンドにオプションつければいいでしょう。
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補足
AサーバーはDNSサーバーでもなんでもなく、自分で管理している全く別のサーバーと考えて下さい。 ムームードメインのムームーDNSを使って、AレコードとMXレコードに記述しています。 ですので、キャッシュのクリアや環境がどうなのかがちょっとわからないです。