• 締切済み

精液からのDNA抽出について

血液や精液からDNAを抽出しPCRをしています。 キットを使わずProteinase K 処理後はフェノクロ→エタ沈して ペレットをTEに溶かしています。 精液から抽出したDNAの濃度が血液由来のものと比較してかなり 低いのですが、これは普通なのでしょうか? 血液由来のDNAは150ng/μl前後なのですが、精液由来のものは 10ng/μl前後です。 最初に用いるサンプル量は250μlほどで、最後はTE100μlに 溶かしています。 ご存じの方がいらっしゃいましたらご回答お願いいたします。

  • 化学
  • 回答数1
  • ありがとう数2

みんなの回答

noname#160321
noname#160321
回答No.1

「生物」カテで聞いて下さい、ここは「化学」。

kunikote
質問者

お礼

申し訳ありませんでした。移動します。

関連するQ&A

  • 精液由来DNAについて

    血液や精液からDNAを抽出しPCRをしています。 キットを使わずProteinase K 処理後はフェノクロ→エタ沈して ペレットをTEに溶かしています。 精液から抽出したDNAの濃度が血液由来のものと比較してかなり 低いのですが、これは普通なのでしょうか? 血液由来のDNAは150ng/μl前後なのですが、精液由来のものは 10ng/μl前後です。 最初に用いるサンプル量は250μlほどで、最後はTE100μlに 溶かしています。 ご存じの方がいらっしゃいましたらご回答お願いいたします。

  • DNAが消えた!

    組織からDNAを採取し、フェノール→フェノクロ→クロロフォルム処理→エタ沈で回収したDNA(DNA(1))がちょっと薄かったので、クロロフォルムに残った層から再度回収して(DNA(2))、最初のDNAに混ぜました(DNA(1)+(2))。volumeを減らして濃度を濃くしたかったため、再度エタ沈したところ、DNAがなくなってしまいました(泣)(1)と(2)は濃度を測定して50ng/ul前後ありました。しかし、(1)+(2)は100ng/ulぐらいはあるはずが、0.1ng/ulしかないんです。最後のエタ沈は、TEと1/10量の3M酢酸ナトリウム、2.5倍量のエタノールを入れて混ぜ、-80℃15分、遠心12000rpm 30minしました。70%EtOHでリンスする時に遠心機利用が他の実験者とバッティングしたため、10分くらい70%EtOHを入れたままおいてしまいましたが、4℃12000rpm10min遠心して乾燥させ、TEに溶解しました。DNAが回収できなかったのは、どこがいけなかったんでしょうか?

  • DNA抽出の際のゲル化について

    植物のゲノムDNAの抽出を行っています。 ところが、最後のエタ沈の段階でDNAがゲル化し、 溶けにくくなって困っています。 (濃度の高いDNA溶液を作りたいため) 方法はCTAB、SDS共試してみましたが、同じようにゲル化してしまいました。 何かいい方法はないでしょうか?

  • ゲノムDNA溶液を冷凍保存する際のDNA濃度

    抽出したゲノムを冷凍保存する予定でいます。 ただ、高分子DNA溶液を凍結保存する際は、濃度を低くしすぎない事と、 凍結融解を繰り返さない事が大事だと教科書に書いてありました。 エタ沈後のゲノムDNAのペレットを100μlのTEで溶解した後、その溶液から 6μlを取って10倍希釈したサンプルを分光高度計で計測した結果、DNA濃度は1100μl/mlでした。 貴重なサンプルなので、ある程度希釈して溶液量を増やして、そして数十μlほどに小分けして冷凍保存、という事を考えています。 ただ、実際にゲノムDNAなどの高分子DNA溶液を冷凍保存する場合、どの 程度の濃度まで希釈してもOKなのかという事がわかりません。 どなたかアドバイスいただければ幸いです。よろしくお願い致します。

  • 大腸菌からのDNA抽出

    大腸菌からDNAの抽出を行なったのですが、初めチューブに入った大腸菌ペレットにTE緩衝液を加え縣濁させました。なぜTE緩衝液で縣濁させたのでしょうか?また、フェノクロで処理した後、アルコール沈殿を行なったのですが、このとき酢酸ナトリウムとイソプロパノールを加えました。この二つを加えるとDNAの白色ひも状沈殿ができたのですが、なぜこの二つなのか理由がわかりません。DNAは負電化をもち、水に溶けるために有機溶媒であるアルコールをもちいたのでしょうか?回答お願いしますm(__)m

  • PCR産物4の制限酵素処理について

    ヒトの細胞からゲノムDNAを抽出し、PCRにて増やしたDNAを制限酵素処理しているのですが、上手くいきません。どなたかご指摘の方お願いします。 制限酵素名:KpnI 10×L buffer 1μL PCR産物(フェノクロ処理、エタ沈、真空乾燥し滅菌水に溶かしたもの) 8μL KpnI 1μL 反応時間:1時間 これで行っているのですが全く切れません。試しに一日置いたのですが、全く一緒でした。 ちなみにKpnIは別の人が、プラスミドを切るのに使って、成功したので、失活はないと考えられます。 また、PCR産物も確認したところ目的とするものでしたので、PCRは成功してます。

  • DNAの精製で注意する点

    PCR法によって増幅したDNAを制限酵素処理しライゲーションする実験をしているのですが、PCR産物が酵素で切断できていない可能性があり(電気泳動の時点では判断つかないので)、サイト検索で調べたりなどしてDNAの精度が問題となることが多いと書いてありました。PCR産物の精製はフェノール/クロロホルム抽出後エタ沈でしています。フェノール/クロロホルム抽出→クロロホルム抽出→エタ沈一晩→エタノールで2回洗い→乾燥です。大雑把な説明ですが、 1)フェノール/クロロホルム抽出 2)エタノール沈殿 について特に注意点などありましたら助言お願いします。なお、今使っているプロトコールは他の人で成功しているものなので、それ自体には間違いはありません。

  • RNA抽出時のイソプロ沈やエタ沈で...

    動物由来培養細胞でのRNA抽出をTRIzolで行っています.その過程でイソプロ沈,エタ沈がありますが,普段は白いペレットで見えるtotal RNAが,時折,ドロ~っとした半透明の油滴のように見える場合があり,なぜそうなるのかよく分かりません. 普段から同じ細胞を使い同じように作業しているのに,total RNAが白いペレットで見える場合と,そのようなドロっとしたペレットで見える場合の差を教えてください.また,ドロっとしたtotal RNAは実験に不向きとか,そういったものはありますでしょうか. 分かりやすく教えていただけたらと思います.よろしくお願いいたします.

  • DNAの安定性について

    シークエンス解析をしています。対象は、ゲノムをテンプレートとして増幅したDNA断片(PCR産物)をエタ沈したサンプルです。解析の結果を見ると、増幅時のプライマーが残っているのか、ノイズが多くてきれいに読めませんでした。エタ沈の条件を変えたりしたのですが、あまり効果はありませんでした。市販の精製キットでは少し効果があるようでした。ところが、3週間ほど冷蔵保存したPCR産物で解析したところ、以前の精製条件でも、ノイズが減ってきれいに読めるようになりました。そこで質問なのですが、冷蔵あるいは長期保存することでサンプルがきれいになって(例えばプライマーが分解して)、シークエンスがうまくいくというようなことがあるのでしょうか?

  • cDNAをPCRしてダイレクトシーケンスしました。しかし何回してもNN

    cDNAをPCRしてダイレクトシーケンスしました。しかし何回してもNNNとでます。ラベリングで失敗していると思っているのですが、プロトコール通りにしているのですが上手くいきません。非常に困っています。エタ沈でペレットがたくさんでるのでDNA量が少ないということはないと思うのですが、、なにか手技のうえでコツがあれば教えてください。基本的な質問で申し訳ないです。