- 締切済み
RT-PCRのプライマー
- みんなの回答 (3)
- 専門家の回答
みんなの回答
Jagar39です。 RT反応時のプライマーの選択(ランダムorオリゴ)は「効率」ではなく、No.1の方も私も書いているように「目的」によって使い分けるものです。 効率を言えばランダムプライマーの方が良いのは最初から判っていることで、ことさら確認などする意味もないと思うのですが。ま、したいといえば別に止めませんが。 同カテゴリーのリアルタイムとRTの質問もそうですが、どうも基本的な勉強がまだまだ不足しているような印象を受けます。 No.1と私の回答で「目的に応じて」とあるのですが、ではどんな目的の時にオリゴを使ったりするのか、等という追加質問がなく、なるほどと納得された様子だったので、その程度のことはご自分で調べたのか、と思っていたのですが・・・ でも、「効率を確認していないのが気になる」というお礼を読むと、やはり判ってなかったのか・・・とも思えます。 自分の知っていることと知らないことをもう少し整理して質問された方が良いと思いますよ。 それ以前に、本来この程度のことは自分が所属するラボの先輩なり先生なりに聞いた方が早いとは思いますけど。
私はランダム9merしか使ったことがありませんが、それこそ目的に応じて、ですね。他に標的遺伝子の特異プライマーを使う系もありますし。 私はRT-PCRはTaKaRaのRNA PCR Kitをずっと使っていたので、オリゴdTもランダム9merも付いてきてました。なのでオリゴdTの方は売るほど余ってます。 ま、どこの使っても同じだとは思いますが。
- MIYD
- ベストアンサー率44% (405/905)
目的に応じて、Oligo dTとランダムヘキサマーを使い分けています。 どちらもインビトロジェンのものを購入しています。
お礼
ご回答ありがとうございます! 目的に合わせて使われてるんですね。 インビトロジェンのを使われてると教えていただき、 ありがとうございました!
関連するQ&A
- RT-PCRについて
RT-PCRの質問です。 RNAからcDNAに逆転写するときに、Randam Primerと いうものがありますが、これってランダムにRNAに くっつくのですよね?だからいろんな長さのcDNAが できてしまうと思うのですが、Randam Primerを使っても 大丈夫でしょうか?Randam Primerの他に、オリゴdT Primer というのもありますが、どっちが逆転写に良いのでしょうか? あと、cDNAを増幅させるときのPCRで、遺伝子特異的な プライマーを使おうと思うのですが、1つのサンプルに センスとアンチセンスのプライマーを混ぜても大丈夫 なのでしょうか?あらかじめセンスとアンチセンスを 等量混ぜたプライマー液を作っといて、反応液に混ぜれば 良いのでしょうか?
- ベストアンサー
- 生物学
- oligo(dt)15 Primerの配列は、単にTを15個つなげた配列でいいのでしょうか?
私は今、RT-PCRを行っています。 現在はOligo(dt)15プライマーを使って逆転写をしているのですが、このプライマーはなかなか高価ですよね。 なので自分でOligo(dt)プライマーを設定して注文すればかなり安いと思ったのです。 そこで質問なのですが、このプライマーの配列は「TTTTTTTTTTTTTTT」で注文してしまっていいのでしょうか? 回答よろしくお願い致します。
- ベストアンサー
- 生物学
- RT-PCRについて
抽出したRNAからRT-PCRでcDNAを作成する際に、原核生物の場合はoligoーdT primerはpoli(A)-tail が存在しないので、利用できないと書いてあったのですが、実際手違いで利用したところなぜかmRNAを取り出すことができました。これはもしかしたらpoli(A)-tailが存在するかもしれないということなのでしょうか? この理由について知りたいのですが、回答よろしくお願いします。
- 締切済み
- 生物学
- RT-PCRとリアルタイムPCRのプライマーの違い
初歩的な質問ですがご助言願います。 リアルタイムPCR用に設計したプライマーを用いて RT-PCRをかけようと思うのですが そもそも、この2つのPCRのプライマーに設計上の違いはあるのでしょうか? 違いがあれば、RTではうまくいかないのでは?と思っています。 ちなみにこのプライマーでできるターゲット産物のサイズは400bp程度です。
- 締切済み
- 生物学
- RT-PCRのランダム,オリゴdTプライマーについて
今度RT-PCRを使用しようと考えております. そこで疑問なのですが,1st cDNAの精製の際に 使用するランダム,オリゴdTプライマーなのですが 両方の特性を考えると長いRNA上流に目的配列が 無いときやGCリッチがないときはオリゴdTプライマー の方がいいような気がします. しかし,他者の論文その他を読みますと 自分と同じような系で ランダム,オリゴdTプライマーを使用している方が 半々ぐらいいます.金額的にもオリゴdT,ランダム プライマー共に変わりません,何かランダムにする 理由が考えれますでしょうか? 宜しくお願いします.
- ベストアンサー
- 生物学
- RT-PCRにおけるプライマー設計について
はじめてお世話になります。 通常のPCR時におけるプライマー設計は理解できるのですが、RT-PCRにおいては、はじまりが1本鎖のcDNAであるということでひっかかりを感じます。 cDNAの塩基配列がわかっていますのでそれをもとに遺伝子解析系のソフトを用いてプライマーを設計したところ、sense-primerの配列が、cDNAの相補鎖となるものと相補的になっていました。(anti senseのほうはcDNAと相補的だったのですが) 実験書を読むとsenseがまずcDNAとアニールして2本鎖になってから通常のPCRがはじまるというふうに理解できましたので、上記のプライマー設計ではPCRがおこらないということでしょうか? この場合はcDNAの相補鎖に対してプライマー設計をおこなえばよいのでしょうか。 それともこのままのプライマーでよろしいのでしょうか? よろしくお願いいたします。
- ベストアンサー
- 生物学
- RT-PCRでのプライマー設計
生命理工学部の三年生です。 RNA発現量をみるためにRTーPCRを使うのはわかるのですが、このときなぜプライマーの設計をイントロンをはさむようにしなければならないのかがわかりません。どなたかご教示お願いします。
- 締切済み
- 生物学
- RT-PCRについて
RT-PCRをするさいに、oligodT3sitesAdaptor Primerをつかっているのですが、このAdaptorの役割はなんですか?またmRNAにAdaptor自身がひっついてしまうことはないのでしょか。それとAdaptorはcDNA合成後も離れずprimerに結合したままなのでしょうか。教えてください。
- 締切済み
- 生物学
- PCRにおけるプライマーの作り方
PCR反応において、例えば、5'末端からcactgtccttctgccatggcとgcaactagacgcagcccgcaとmRNAが並んでいて、これら二カ所をプライマーとして用いた場合二つのプライマーの塩基配列はどうなるのでしょう??それぞれに相補的な塩基配列になるのでしょうか??
- ベストアンサー
- 生物学
- RT-PCR
RT-PCRでcDNAの作成を行っています 通常は、 RNA抽出物を逆転写して (polyA primerで) PCRへもっていっています。 しかし 先日ふと思い立って、 RNA抽出物を鋳型として そのままPCRしてみました。 すると、このRNA抽出物を鋳型としてPCRした場合も、 cDNAを鋳型とした時と同じ位置にバンドが出てきました。 このバンドは、鋳型RNAをRNAse Aで処理すると消えます。 このPCR産物の シークエンスをチェックしてみると、 目的遺伝子であることが確認できました。 (全長800bpの中の500bpのシークエンスを確認) RNA抽出キットはキアゲン社のものを使っています。 精製度が高いということなのでDNase処理は行っていません。 この場合、 RNAを鋳型として 目的遺伝子が増幅しているのでしょうか? あるいは、 ゲノムDNAがコンタミが原因で イントロンを含んだものが増えているのでしょうか? 通常、 DNA polはRNAを鋳型として 遺伝子増幅できないといわれていますが、 本当でしょうか? 何か参考になる文献があれば 教えていただけないでしょうか? よろしくお願いいたします。
- 締切済み
- 生物学
お礼
ご回答ありがとうございます! 私もキットを使ってRT-PCRをしていましたが、 キットについてるランダムプライマーを使っていました。 オリゴdTは使ってないので、私も余ってる状態です。 ただ、オリゴdTでRT反応をすると、PCRでの効率が ランダムプライマーの場合とどれだけ違うか調べてないので、 とても気になっていました。