• ベストアンサー

ヒトゲノムの解析

ヒトゲノムの解析で、HUGOとセレラ社の解読の方法が違うと聞きました。 HUGOのクローン・バイ・クローン方式、セレラ社のランダム・ショットガン方式がどのような方法なのか詳しく知りたいのですが、どなたか教えていただけませんか? できれば図で説明されたホームページなどを紹介していただくとありがたいのですが…。

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
noname#4684
noname#4684
回答No.2

クローン・バイ・クローン方式・・・・・1回のシーケンシングで読めるのは、約700塩基です。その先をまた読んで、その次に、また先を読むというふうにシャクトリムシの様に進むのがこの方法。進むさいに、少しだけ重複して読むことで、つながっていることを確認しつつ。 ランダム・ショットガン方式・・・・・自分がどこを読んでいるか、全く把握せずに、とにかく塩基配列を決定していく。しばらくデーターがたまったあとで、重複する部分をパソコンでつなげて、1つに集約するのがこの方法。 もしもこの分野の学生さんであれば、プロトコル本をみてくだされれば簡単かと思います。前者はネステッドデリーション法、後者はショットガン法という名前で、塩基配列決定方法のページに載っていますよ!

D-edge
質問者

お礼

ずっと検索かけてたら良いページが見つかりました。 みなさん、ありがとうございました。

D-edge
質問者

補足

お返事が遅くなって申し訳ありません。 プロトコル本を見ろとのことですが、どうやら今の環境では手に入りそうにありません。 ネステッドデリーション法とショットガン法について、もっと詳しく知りたいのですが、何か良い方法はありませんか?

その他の回答 (1)

noname#211914
noname#211914
回答No.1

セレラに関しては、以下の参考URLサイトは参考になりますでしょうか? ◎http://homepage1.nifty.com/asca/science/2/body.html 「Science Special Issueご紹介」 参照文献も紹介されてます。 ◎http://www.so-net.ne.jp/SF-Online/no50_20010423/special1_2.html (ヒトゲノム解析とは何か?) ●http://www.gene.ucl.ac.uk/hugo/patent.htm (HUGO Statement on the Patenting of DNA Sequences) ●http://www.enjoy.ne.jp/~masanori-m/minori/26.htm (ゲノムを読む) ご参考まで。

参考URL:
http://homepage1.nifty.com/asca/science/

関連するQ&A

  • パスワードの解析方法

    パスワードの解析方法が知りたいです。 暗号技術に関する勉強を興味本位で始めたんですが、暗号化された文字列を解読して復号する事ができません。 判明しているのは以下です。 ・英字と数字を判別する。 ・英字は大文字、小文字を判別する。 ・平文の英数字の文字列の数に関わらず、暗号化された文字列は11文字。 暗号化された文字列は『gxhdlde85rt』です。 ホームページなどで入室ロックをかける時などに利用する暗号方法らしいのですが、どう解読したら良いですか?

  • cDNAライブラリーからのDNAアレイ作成について

    遺伝子発現を網羅的に解析する方法として、DNAマイクロアレイがありますが、ある本で「cDNAライブラリーからランダムにクローンをピックアップしてDNAアレイを作成する・・・」とありましたが、具体的にはどのようなことをするのでしょうか。 クローンをピックアップとは、大腸菌のコロニーをランダムにとるってことなのでしょうか。。。 どのようなことをするのかが、あまりイメージ出来ませんので、実際の実験法等について教えて頂ければと思います。 よろしくお願いします。

  • ヒトゲノムの解析について

    先日、中高校生のための講習会で、 第六回バイオインフォマティックス講習会「ヒトゲノム計画とインターネット」 というものに参加してきました。 そこで、基本的なことなのですがイマイチ分からなかったことをいくつか教えて下さい。(その場で聞けばよかったのですが聞き損ねました。) (1)DNA、遺伝子、ゲノム、この三つの定義 (2)ゲノムを解析する時には、DNAを細かくちぎって大腸菌の中に入れて培養させてそれを解析する、と聞いたのですが、何の為にDNAの数を増やすのですか?絶対数を増やして解析結果の正確性を上げるため?あと、ヒトのDNAと大腸菌のDNAはどうやって見分けるんですか?ヒトのDNAによって大腸菌が変異を起こしたりしないのですか? (3)ヒトゲノム計画で解析されているゲノムは世界中の色んな人のものだと聞きましたが、それは何故なのでしょうか?世界で、一人のものを解析するとその結果はその人のゲノムであり「ヒト」のゲノムとしては平均的ではない、というのは分かるのですが色々な人のものを使う、というのはいまいちよく分かりません。そうすることによって平均的になるとは一概には言えないと思うのですが・・・。 宜しくお願いします。

  • アクセスログを解析したいです。ソフトをインストールする方法以外でありますか?

    某社のサーバを自社に置いて、WEBを公開しています。 しかし、この某社のサーバがアクセスログを解析するソフトがなく、どの会社がどのくらい自社のホームページをアクセスしているかが見ることができません。 (アクセスログ自体は見れますが、ログそのものを見ても、ちょっと解析できません) Linux標準でインストールされるWebalizerをインストールしたくても、root権限がないので、インストールできません。 CGIプログラムでもいいので、ソフトをインストールせず、アクセスログをとる方法はありませんでしょうか? (但し、DMZにつなぐ方法、お金がかかる方法は除いてです。)

  • FEM解析結果の実証(曲げ応力)

    コンピュータによる構造解析結果を手計算により実証したいです。 問題は単純に筒にかかる応力の問題です。 添付図のような筒に解析ソフト(ANSYS workbench)によりランダム振動を与えると図で赤に色を付けた部分に最大応力が発生しました。そこでその最大応力値の妥当性を手計算(曲げ応力計算)により実証したいのです。その場合以下の方法であっているのでしょうか? 固定部分以外の重さ:W=0.120[kg] 固定部以外の重心距離:X=0.020[m] (図参照) 加速度:G=10[Grms] すると固定面のそばにかかるモーメントMは M=W*X*G =0.120*0.020*(10*9.8) =0.2352[N・m] また筒の断面係数Zは Z=π(D^4-d^4)/32D (図参照) =0.000000231[m3] したがって相当応力σは σ=M/Z =0.2352/0.000000231 =1018260[Pa] ≒1.0[MPa] ここまで、筒にかかる応力の計算として一般的にあっていますでしょうか? またANSYSによる計算結果はもっと大きい値を示しているので単純にランダム振動の二乗平均の10Grmsを使用するのではなく、違ったファクターを加えるのではないかと思っています。 以上、どなたかお詳しい方がおりましたらどうぞ宜しくお願いします。

  • TINAで筋電計 エラーが無いのに解析できません

    こちらでつい先日来、先輩の皆様にずいぶんお世話になって、駆け出しの初学者ですが何とか実際に筋電を計測できる筋電計を作ることが出来ました。アドバイスを下さった皆様、本当にありがとうございます。 さて、Linear Technology社のLT1167,LT1112のOpeAmpを使って実物をブレッドボードに試作たものを、何とかもう少しグレードアップしたいというチャレンジで、TINAを使って同じ筋電計の回路図を描きました。添付の図の通りです。 添付図の上中央のLT1167はインスツルメンテーション・アンプです。中身が3ヶのオペアンプで構成される差動増幅器です。1pinと8pinにゲインレジスタを接続します。ゲインレジスタ2.6kX2で約20倍のゲインになります。 上述のLT1167のすぐ右下のLT1112は、LT1167のRef端子にDCオフセット電圧が入らないようにする積分回路です。 添付図の下左からゲイン100倍の非反転増幅器、30倍の非反転増幅器、右端がFc=1500Hzのローパスフィルタです。 筋電計は普通1/fフリッカーノイズを除くハイパスフィルタをつけるのですが、わたくしはその領域を見たい、という理由でハイパスフィルタをつけませんでした。 TINAの図面ですが、 添付図の上左端に、実際の筋電の代替にファンクションジェネレータを入れました。これは振幅1mV、周波数30Hzのサイン波を出すように設定しました。 添付図の上、左端の「Reference」は測定対象(被験者)のボデーにつける基準電極です。 添付図の下、右端に入れたのはTINAで解析のときに使う「Open Circuit」です。 添付図で「Inv.」は反転増幅端子、「N-Inv.」は非反転増幅端子です。 これに関して3点、ご教示お願いいたします。 1: TINAの解析エラーチェックでエラーが無いのに、解析できません。 これはどこが間違っているのでしょうか? 解析ができないのでオシロを「Open Circuit」につないで見ましたがダメです。 2: もう少しスマートな方法があったらご教示お願いいたします。特に添付図の下です。もっと熱雑音が下がる抵抗値の設定がありましたら・・・ 3: 初学者なもので、添付図の上、左端の「Reference」すぐ後の反転増幅モジュールの意味と、LT1167のゲインレジスタから伸びてきてボルテージフォロワーにはいる線の意味がわかりません。 リニアテクノロジー社、アナログディバイス社、テキサスインスツルメント社のインスツルメンテーション・アンプ説明書には、たいてい差動増幅器のゲインレジスタを2分割にして、この2分割の中間から被験者のボデーアースを取るようになっていますが、ネットの解説(http://www.neo-tech-lab.co.uk/ECGcircuit.htm)などを拝見するとゲインレジスタを1/2にするようにはなっていません。 実際に試すと、ゲインレジスタを1/2にして、この中間から被験者のボデーアースを取らないとうまく測定できませんでした。 TINAにお詳しい方、以上どうぞよろしくお願いいたします。

  • アンケート調査の簡単な統計解析手法について

    経営学修士課程の学生ですがアンケート調査の分析方法についてお教えください。具体例を参照しますが調査結果がこのような単純な表の場合、縦横比較以外(exシェア比較)に統計的手法によって他にどのようなことがいえるのでしょうか? イメージとしては、「よってグローバル経営企業においては国内本社による経営上の優位性が明らかになった」というようなことを統計解析結果によって説明したいのですが。どなたかご専門の方のアドバイスを是非よろしくお願いいたします。 表の説明は、例えば「技術革新」については、国内本社で行っている企業が52社、海外子会社で行っているのが28社、両方で行っているのが15社、回答が不明というのが5社だったような場合です。 各質問項目(縦軸)を基に出した集計結果が表の中身となり、その全体結果を見て何かを解明する際の統計解析の方法として何を使えばよいのかが分かれば有難いです。

  • ヒトゲノム解析なんて子供だましである

      今現在DNA鑑定でさえ当てにならんのにヒトゲノム解析なんて子供だましと違うの。    

  • 沖縄県の家のつくりって?

    学校で調べ学習(グループ学習)をしてるんですが、沖縄の家のつくりがよくわかりません。なるべく図で説明してあるホームページなどを紹介してください。よろしくおねがいします。

  • ジムボールの運動方法

    ジムボールを買ったんですが運動の仕方がわかりません。 付属の説明書にはほとんどのっていなくて、どこかのホームページで 11項目の運動方法があると書いてあったような気がします。 図または写真の説明のついたホームページを知っていたら教えてください。