RNA抽出時のイソプロ沈やエタ沈で．．．

質問

動物由来培養細胞でのRNA抽出をTRIzolで行っています．その過程でイソプロ沈，エタ沈がありますが，普段は白いペレットで見えるtotal RNAが，時折，ドロ～っとした半透明の油滴のように見える場合があり，なぜそうなるのかよく分かりません．
普段から同じ細胞を使い同じように作業しているのに，total RNAが白いペレットで見える場合と，そのようなドロっとしたペレットで見える場合の差を教えてください．また，ドロっとしたtotal RNAは実験に不向きとか，そういったものはありますでしょうか．

分かりやすく教えていただけたらと思います．よろしくお願いいたします．

回答No.1

geneticist12 · ベストアンサー

一番可能性のありそうなのは、多糖類、とくにglycogenの共沈だと思います。
ヤマトのりのような半透明でジェリー状の沈殿を生じます。
Trizolでの精製過程で、多糖類はRNAの挙動はほとんど一緒なので同じくらい高い効率で抽出されてきます。その時々でそうなったりならなかったりというのは想像するしかないですが、細胞の生理状態、培地等からの持ち込み、系のキャパシティー不足などがあるのでしょうか。

glycogenのコンタミが多いと、
・溶けにくい、溶けない。
・粘性のためカラムを通りにくい、精製度が低くなる。
など、影響がある場合があります。用途にもよるでしょうけれど。

沈殿から多糖類を除く方法として、2 M LiCl水溶液に再懸濁（場合によっては沈殿をホモゲナイズして）して差次沈殿する（large RNAは沈殿し、多糖類は可溶）方法があります。

お礼

大変参考になりました．ありがとうございました．