有給休暇と交通費について

通勤手当が課税対象であるのか否かということは税法上の問題であって、課税対象であってもなくても賃金であることには何ら変わりありません。
また、通勤手当が実費弁償であるのか否かについては、就業規則等における支給基準に拠るものであって、課税対象であるのか否かによるものでもありません。

次に、労働基準法第１３６条には「有給休暇を取得した労働者に対して、賃金の減額」等の不利益な取扱いをしないようにしなければならないことを定めています。

質問者さんの通勤手当の支給基準がどのような基準であるのか不明ですが、実際に出勤した日のみ支給するといった支給基準であれば、有給休暇を取得し実際に出勤していないことにより通勤手当が支払われないとしても、労働基準法第１３６条には抵触しないものと考えられています。

直接に通勤手当の支給について争ったものではありませんが、裁判例においても、「使用者が賃金体系上、賃金の一部を精皆勤手当等の諸手当とし、その諸手当の全部又は一部を年次有給休暇を取得したことを理由にして支給しない旨就業規則等で明示することは不支給となる諸手当が、労働者が現実に出勤して労働したこと故に支払われる実費補償的性格（例えば、通勤費の実費支給を内容とする通勤手当など）でない限りは、前記有給休暇制度の趣旨に反する賃金不払として法的に許されないものというべきである」（昭和５１年３月４日大瀬工業事件）といったものがあります。

以上から、質問者さんの通勤手当が実費弁償であれば、支払われなくても違法とは言えず、実費弁償以外であれば、違法（の可能性が高い）、ということになるかと思います（結論としては、３の方の回答と同じです）。

会社の規定によります。

法的には必要経費として支出するので
休み中は支払われなくても　問題ありませんが、
一般には（計算が面倒なので）支払われるのが一般的です。

　税金のかからない通勤費用として支給されているなら支給しないのが相当ですが、課税対象で賃金の一部である通勤手当なら規定にかかわらず支給すべきですね。
　「交通費」が、課税対象になっているか、確認してはどうでしょう。

交通費は「社員として勤めている期間に使うための費用」
として支払われるもので、
退職のための有給休暇の間も、社員として雇用されているので
お給料同様、通勤費用も支給して貰えるはず
ではないでしょうか？

会社の交通費支給規定によるものだと思います。
定期券現物支給の会社も多いですし・・・