目的遺伝子の正常組織における発現量の検討

質問

こんにちは
早速質問なのですが・・・

IGF1Rという遺伝子についてイヌ、ネコで実験しています
ヒトやマウスなどでは実験がかなり進められていて、遺伝子の機能などについていろいろ報告があり、IGF1Rに関する論文もたくさんあります
この遺伝子が各正常組織（脳、肺、心臓、胃、肝臓、腎臓、大腸など）において、『どの組織で多く発現しているのか』などの各組織における発現量の比較のデータが知りたいのですが、いろいろな論文を読んでもなかなかほしい情報が得られません
その情報を得るには地道に文献をあたっていくしか方法はないのでしょうか？
それとも良い方法を知っていたら教えていただけたら幸です
よろしくお願いします

回答No.4

geneticist12 · ベストアンサー

検索語に遺伝指名と、適当な臓器名を放り込んだらいい感じに検索絞り込みができそうです。

参考URL：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?cmd=Search&db=geo&term=igf1r+liver+brain+heart&tool=fuzzy&ot=IGF1R+liver+b

お礼

本当にありがとうございました
最初に頂いた回答でかなり助かって、ものすごい勢いで悪戦苦闘しているところでした。
今回の回答で　目からうろこ　という感じで本当に助かりました

欲しい情報を得るための検索法や、知識がないのでこういう貴重な情報ですごく救われます
努力や時間は惜しまないつもりですが、実験期間も限られているので結果を早く出さなければいけないので本当に感謝します

回答No.6

Chicago243

マイクロあれーを扱っているアジレントが最近犬のセットを発売したようです。おそらく基礎データーはもう取ってあると思われます。見れるデーターがあるかどうかとか、それを使ってすでに公表されたデーターがあるかなど相談してみてはどうでしょうか。

IGF1Rとなにか内部標準になるものだけというふうな形だと向こうも持ってるデーターからそれだけを抜き取って教え安いかもしれません。

参考URL：

http://www.chem.agilent.com/scripts/pds.asp?lPage=39557

お礼

回答ありがとうございます

そういう手段もあるんですね。
貴重な情報ありがとうございます
全く知る由も無かったことなのでありがたいです

問い合わせてみようと思います

回答No.5

suiran2

アメリカでの論文検索は，現在70%以上がgoogleサイト経由(GoogleとGoogle Scholarを合わせたもの)だそうです。下記の論文検索専用のGoogle Scholar　は PubMed 内も検索してくれます。一度おためし下さい。
http://scholar.google.com/

お礼

回答ありがとうございます
そういうことだったなんて知りませんでした
PubMedが唯一の情報源だったので、情報網がひろがります
早速試してみます
ありがとうございました

回答No.3

geneticist12

NCBI
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

で、検索できるデータベースにGEO (Gene Expression Omnibus)というのがあります。ここで、お探しの情報が見つけられるかもしれません（IGF1Rはデータエントリーが多すぎて、関心のあるデータを探し出すのが大変そうですが）。

検索の仕方は
１．NCBI homeページからAll databasesを対象に検索。結果の中から、GEOの検索結果を選ぶ。
２．NCBI homeページからGEO profileやGEO datasetのデータベースを対象に検索をかける。
３．GEOの専用ページから検索をかけるhttp://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/

のどれでもいけると思います。

お金とヒマがあるなら、自前で組織別プロファイリングをしてもいいでしょう。Clontecからヒトやマウスの臓器別cDNAや、RNAブロットが一セット10万円くらいで売られています。

回答No.2

masuda_takao

著明な遺伝子の組織分布に関する情報なら、論文は恐らく出ていると思います。例えば PubMed で「IGF1R」「distribution」「expression」等のキーワードで順次検索していけば、（1本の論文で全てが書いてあるというのが無くても、必要な情報は）見つかるのではないでしょうか？　お手持ちの論文の引用元に、組織分布を調べたものだってあるかも知れませんし。

　必要な道具や材料が揃っていれば、下の方が仰るように Northern ブロットや実時間 PCR 等の定量解析をなさればよいわけですが、マウスなどでやっても恐らく高々追試ですし、ネコやイヌで分子生物学をやるにはそれなりの腕前がいるので、その場合は指導教官の方とご相談なさるのがよいかと。

お礼

回答ありがとうございます
私は獣医領域で学生の身分で実験を行っています。
指導教官は『それぐらい自分で調べろ』という感じで恐いし、質問しづらい雰囲気なので、この場を借りて皆さんに甘えて質問させていただきました。

おっしゃられているように検索で地道に引き続きがんばってみます

回答No.1

sachihappy777

ご自分で、実験して調べるという選択肢はありませんか？
遺伝子の発現定量ですとノーザンかリアルタイムPCRを使った定量が一般的かとは思いますが。
なければ地道に論文検索していくしか方法はないのでは・・？

お礼

回答ありがとうございます。
イヌの正常組織でRT-PCRによる半定量を行ったのですが、その結果の考察のために、ヒトやマウスでの定量の結果を参考にしたいと考えているのです。
（本当は実験を行う前に調べておくべきことなのですが・・・）
おそらくヒトやマウスでは研究が進んでいるのでこういう実験は行われていると思って、いろいろな文献を地道に読んでいるところなんですが、なかなかそのような情報が無くて困っています。
もっとがんばって探して試ます