ご質問の「日本国民VS在日アメリカ軍」は、どういう理由の対立なのでしょうか？
もし仮に「沖縄の在日米軍が沖縄を占領する為の作戦行動を開始している」とした場合、防衛のため首相の独断で出動させることはできるでしょう。もっとも、現実にそんなことが起きても、政府はオロオロするだけ・議会は大混乱で収集がつかない・自衛隊は組織的な作戦行動をとれず各個撃破で、あっさり占領されちゃうでしょう（笑）。 ま、自国内に敵国の基地があるんですから、ちゃんとやっても形勢は不利でしょうけど。
あと、やんごとない御一族の方々はどうでしょうねぇ。 まぁ、天皇陛下に統帥権は無いですから、日本に非が無ければ「軍事力の行使は好ましくは無いが、自国の主権を守るためにはしょうがない」的な態度を表明し、（その後の本土への侵略が予想される場合）どこか安全な所に御避難されるんじゃないでしょうか。
ともあれ、出動のいきさつが、何なのか（米軍の沖縄侵略にしても、アメリカが国家的な政策として行ったものか、在日米軍の独断か）しだいで行動は変わると思います。
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