in which は前置詞＋関係代名詞でしょう。先行詞は"geological phenomena"です。
geological phenomena in which heated ubterranean water shoots up into the air at relatively regular intervals
は、「熱せられた地下水が比較的一定間隔で空中に噴き出すような現象」というふうに、in which 以下が ""geological phenomina"を修飾しています。
元の形に戻すと、
Heated ubterranean water shoots up into the air at relatively regular intervals in the geological phenomena.
となります。
間欠泉(geysers) と"熱せられた地下水が比較的一定間隔で空中に噴き出す" は同格ですが、"geological phenomina（地質学的現象）"とは同格ではありません。
あくまで、
"熱せられた地下水が比較的一定間隔で空中に噴き出す" は、"geological phenomina（地質学的現象）"を修飾するものです。
したがって、質問の最後の文としては文意が損なわれると思います。
あなたの思ったこと、知っていることをここにコメントしてみましょう。