こんばんは。
先ず、後付のスピーカーに純正のツイーターという組み合わせはお勧めできません。スピーカーはコアキシャルであろうと、２ＷＡＹであろうと、メーカー側はお互いのバランスを考えて製作しています。ただでさえ純正のスピーカーの音質は最低ランクなので、社外品との組み合わせはバランスが崩れます。
案としてはいくつかあるのですが、代表的なものを紹介します。
一つ目は純正ツイーターを無視してコアキシャルのみで低音～高音まで鳴らす方法です。（純正のネットワークをはずしてコアキシャルに直結、またはコアキシャルにネットワークが付属しているならばそれを使用）欠点としては、スピーカーの取り付け位置により、音が低い位置から鳴ってしまう事です。しかし最近はツイーターの角度を調節できるコアキシャルスピーカーがありますので、対応は可能です。
もうひとつの方法は、２ＷＡＹにする方法です。欠点としてはコアキシャルに比べて価格が高い、取り付けが難しい、音の調整が難しい事が挙げられます。
少しマニアックな話になりますが、コアキシャルは低音・高音が同軸から出る為、自然な感じで音が鳴ります。しかし取り付け位置によっては音が足元から鳴ってしまい。臨場感が損なわれやすくなります。（専門的には「音の定位が低い」といいます。）逆に２ＷＡＹはツイーターが上（ピラー）にある為、音の定位は高くなりますが、音が上と下から鳴ってしまう為、取り付け、調整次第では音がチグハグに聞こえます。コアキシャルの欠点が２ＷＡＹの長所であり、２ＷＡＹの欠点がコアキシャルの長所でもあるという事です。どちらを選ぶかによって、何に気をつければ良いかが変わります。
話が逸れてすいません。
貴方はコアキシャルを考えているとの事ですので、結論としては、純正ツイーターは使用せずにコアキシャルのみで鳴らす事をお勧めします。（ツイーターを外す必要はありませんが、ケーブルを外してしまう為、スピーカーとしての意味を成さなくなります。）
因みにその場合、スピーカーの取り付け位置が低いのであれば、ツイーターの角度が変えられるスピーカーを選択し、できるだけ上方向に角度をつけて取り付けると改善されます。
長くなりましたが、参考になったでしょうか。
