マイクロアレイ，GeneChip，クラスター解析，パスウエイ解析の目的について簡単に教えてください

質問

自分の専門外の言葉に悩まされています．
ご専門の方おられましたら，上記4つの遺伝子発現解析の目的や違いを簡単にご教示いただけますでしょうか．

回答No.1

MIYD · ベストアンサー

マイクロアレイ解析をやっているグループにいるだけで専門家ではありませんが

解析を行う目的は使用者が決めることですので、
違いについてご説明しますと

○マイクロアレイとgenechipは基本的には同じです。
genechipはアフィメトリックス社の登録商標です。

あるサンプルに含まれる特定の配列を持つDNAまたはRNAの存在量を調べたり、
複数のサンプル間の存在比を調べることができます。

簡単に言うとノーザンブロット解析やRT-PCRを一度に数千から数万個行うことができる操作です。

○クラスター解析
複数のサンプルをマイクロアレイで解析し、
得られた結果から変化している遺伝子群を抽出する解析法です。

発現量が増加(または減少)する遺伝子群には何が含まれているのかなどがわかります。

○パスウェイ解析
複数のサンプルをマイクロアレイで解析し得られた結果と、
既知の代謝などの経路に関与している遺伝子の情報を照合して、
どのような経路に変化があったのかを調べる解析法です。

サンプル間でどのような経路の活性化（抑制）が起こっているのかがわかります。

お礼

いつもお世話になります．早速の回答ありがとうございました．参考にさせていただきます．おそらくまた質問することがあると思いますが，その時はよろしくお願いします．

補足

マイクロアレイをやっている方にお聞きしたかった事があるので補足質問させてください．
（１）
数多くの遺伝子発現量を調べる際，再現性が問題になりますし，何らかのアーティファクトが出ることもあると思うのですが，一般的には同じサンプルで何回くらいアレイにかけるのでしょうか．例えば，3回やって平均値をとるとかでしょうか．
（２）
ある目的に応じ遺伝子をピックアップして作成された遺伝子数の少ない自家製マイクロアレイと，それらの遺伝子を含みかつ他の遺伝子も大量に検索できるマイクロアレイのメリットとデメリットにはどういうものがあるのでしょうか．やはり再現性の問題でしょうか．
（３）
『検索できる遺伝子数が多い方がいいという問題でもない』という話も聞いたのですが，素人的には「大は小を兼ねる」と思い，せっかく解析するなら多い方がいいのでは，と考えてしまいます．実際のところどうなのでしょう．何かご意見がありましたらお聞きしたいです．

何度もすみません．