「msiexec.exe」
ファイルの場所は「C:\WINDOWS\system32\msiexec.exe」であることを確認ください。
ファイルを右クリックして「プロパティ」を選択し下記を確認してください。
「全般」画面
サイズ：77.0 KB (78,848 バイト)
更新日時:2005年5月4日、14:45:36
「バージョン情報」画面
ファイルバージョン：3.1.4000.1823
説明:WindowsR installer
著作権：c Microsoft Corporation. All rights reserved.
上記のファイルであれば正規のファイルですので心配ないと思います。
おそらく、Windowsの自動更新が作動したのではないでしょうか。
あなたの思ったこと、知っていることをここにコメントしてみましょう。