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モノクローナル抗体とポリクローナル抗体
sonorinの回答
- sonorin
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市販のモノクローナル抗体をお使いと言うことは、そのモノクローナル抗体が認識するアミノ酸配列が明らかのはずですよね。 検討されている蛋白をどの程度の長さまで切断されるのか分かりませんが、もしその蛋白の中でモノクローナル抗体がクロスリアクションを起こしやすい程度の非常に酷似している配列を有している場合で、その部分が酵素によって途中で寸断されることなく切断された場合は、そのウェスタンブロッティングで複数のバンドが検出されてしまう可能性はあります。 しかし、そういったケースは私自身それほど多岐の分野にわたるペーパーをチェックしている訳ではありませんが、見かけたことはありません。 モノクローナル抗体はものによってそれぞれですが、短いアミノ酸配列（10個以下）では、ひょっとするとあり得るのかも知れません。ですが、ターゲットに厳密に反応するように作製されているはずですから、あまり経験しないのでしょう。 ポリクローナル抗体は、（おわかりでしょうけど）色々な配列部分を認識する様々な抗体が混在するものです。その抗原決定基は重複する場合、あるいは一つの抗体認識部位の全体を覆うような配列部分を認識する場合等がもちろんあります。当然、配列が長くなればなるほど、それだけ抗体が産生されうる抗原決定基の種類（言い方は少し不適当な気もするのですが）も増えるでしょう。 どこまで蛋白の大きさを絞り込むのか分かりませんが、一度壁にぶち当たるまでトライしてみてからまた同一蛋白の他の抗原決定基を認識するモノクローナル（あるいはポリクローナル）抗体での反応をチェックするといった感じでもいいとは思います。 私も支離滅裂な回答になりましたが、どうでしょう？
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補足
>市販のモノクローナル抗体をお使いと言うことは、そのモノクローナル抗体が認識するアミノ酸配列が明らかのはずですよね。 ということなんですが、これは合成ペプチドを抗原としてモノクローナル抗体を作ったということですか？ 使用しているモノクローナル抗体はakiyamaharukaさんの参考URLにあるような方法で作られたものだと思うのですが、このような方法で作られた抗体でも認識するアミノ酸配列はわかっているんでしょうか？ 度々申し訳ありませんが、教えてください。