• ベストアンサー

ゲノムDNAをテンプレートにしてシークエンス?

ABIのBigDye terminator v3.1のプロトコールをみていたら、テンプレートDNAの定量のところに「バクテリアゲノミック DNA」というのがありました。 それ以上のことは詳しく載っていなかったのですが、これは、「ゲノムをテンプレートにしてダイレクトにDNA配列を決定する」ということができるという意味なのでしょうか? ご存知の方がいらっしゃいましたら教えて下さい。 よろしくお願いいたします。

質問者が選んだベストアンサー

  • ベストアンサー
  • MIYD
  • ベストアンサー率44% (405/905)
回答No.1

BigDye terminator v3.1を使っていますが、 マニュアルが見当たらないし、登録していないのでPDFでも読めませんが、 Strep. pyogenes というバクテリアでダイレクトシーケンスをしている例が参考URLにありますね。 プライマーの設計やテンプレートの精製がめんどくさそうなので自分でやるのならば一度PCRで回収してから PCR産物をテンプレートにして読むと思いますが。

参考URL:
http://www.genome.ou.edu/big_dyes_bact.html
joyjoyjo
質問者

お礼

ご返答ありがとうございます。 ゲノムをテンプレートにして読めるものなんですね。 ゲノムが読まれていないバクテリアの特定の遺伝子を他の種で保存性が高い領域から混合primerを作成し、PCRで増幅してシークエンスを決めようと思っているのですが、開始と終止の部分をどうやって決めようか検討をしているところでした。 inverse PCRをしようかと考えていたところに、BigDyeのプロトコールが目にとまり、簡単にできるならと思って書き込みをしました。 教えていただいたHPをもう少し精読して、検討させていただきます。 本当にありがとうございました。

関連するQ&A

  • ゲノムとDNA

    ゲノムと(プラスミド)DNAの違いは平たくいうと何ですか? ゲノムというのは単なる配列、 DNAは意味がある配列という認識でよろしいですか。

  • シークエンスの波形をよくするには

    DNAの配列決定(シークエンス)でやっているのですが,結果(波形)がどうも芳しくありません. ピーク強度,ピークの伸びが悪いです. キットはアプライドbiosystemのものです. 試薬はBigDye® Terminator v3.1,3100/3100-Avant™ Genetic Analyzer Autosamplerです.

  • ゲノムDNAの定量について(PCRを使用せずに)

    組織の細胞数を数えるために、ゲノムDNAの定量をしようと思っています。 私の中では、real time PCRをして、そのGAPDHで定量をしたらよい、と思っていたのですが、えらい先生から、「それでも良いが、PCRせずにカウントしたらよいだろ?」と言われました。 当然のごとく簡単に言われたので、メジャーな測定方法なのだと思い、聞き返さなかったのですが、その後いろいろ調べてみるものの、その方法はどういったものがあるのかよくわかりません。吸光度を使用したことも以前あった気がしますが、かなりラフな測定だったと思います。 どなたかご存知の方おられないでしょうか?

  • ゲノム解析

    ゲノム解析 1.ヒトゲノムプロジェクトでは、ヒトのDNA配列を明らかにしたと聞いたことがあるのですが、その中のそれぞれの遺伝子の位置や機能をすべて解明したわけではないのですか? 2.ゲノム全体の中から、どこがイントロンでどこがエキソンで、どの遺伝子がどこで発現し、どう働くのかは、現在どのような方法で解析できるのでしょうか? 3.ヒトの持つDNAには個々で変異などがあって、すべて同じ配列ではないと思うのですが、ヒトゲノムプロジェクトでは、それをどのように「ヒトのDNA配列」としてデータベース化しているのでしょうか? まったくの素人なので、質問の意味が伝わらなければ申し訳ございません。 教えていただければうれしいです。

  • DNAシークエンサーでの配列分析における,ピークの出方について

    私は植物のゲノムDNA解析を行っています. 以下の操作を行っています. 1.ゲノムDNAのサンプル(RE未処理)をPCRし,目的バンドをQLA-quick gel Extraction Kit(GLAGEN)を用い,ゲル抽出する. 2.BIg Dye Tm terminator cycle sequencing kit ver.3.1を用いて,ABI PRISM TM 310 Genetic Analyzerで配列分析を行った. (ここでは,アニーリング温度をPCRのときのアニーリング温度と同じ,1度高い,1度低いに設定しシークエンス反応を試した.) ここからが質問です. 1.配列分析結果において出てきた波形が,さまざまな波形が重なっていて一つのきれいなピークが出ていない. 2.後半部の方が急にピークが出なくなっている. です. どのようにしたら改善できるでしょうか? よろしくお願いします.

  • DNAのイントロンとエキソンに関する実験

    ある遺伝子のゲノムDNAの塩基配列を決定したいのですが、どこがイントロンでどこがエキソンかが分からない場合、イントロンとエキソンを明らかにするためにはどのような実験を行えばよいのでしょうか?

  • DNAの系統関係と個体差

    系統関係(例えば人とイヌ)の違いはDNAの塩基配列の違いと学習しました。が、(どこにある、何のDNAでしょうか?)また人間の個体差は、何の違いによって生じるのでしょうか?(やはりDNAの塩基配列?)もうひとつ、人ゲノムの全塩基配列が解読されたといいますが、人の持つ“全”DNA情報とは?頭がこんがらがって、わけがわからなくなってしまいました・・質問の意味も変かもしれませんが、DNA、ゲノム、遺伝子、染色体 などについて教えていただきたいです。

  • 墓石を残さず、ゲノムの塩基配列を残す案

    自分の先祖の墓石を維持・管理するのは、どういう意味があるのですか?自分のDNAの中に、先祖のDNAの、それぞれの部分が混在して生き続けているわけです。自分がこの世に「存在した証」が必要だとすれば、自分の墓石を残す代わりに、自分のDNAのゲノムの塩基配列を記述して残すとすれば、何か問題がありますか?一族のDNAの共通配列も明瞭になり、先祖と自分と間の親近感(魂の交流?)も増すのではないですか?昔は、DNA・ゲノムのような技術・知見がなかったので、墓石(遺骨など)を残したのではないでしょうか?

  • DNA断片のシークエンス結果の読み方について

    今回、実験で菌体のDNA断片の塩基配列を解析しました。 その結果、A・T・G・C の組み合わせ配列の最後に、 NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNと、Nが多数ありました。 Blastで解析し、菌の同定は出来たのですが このNNNNNというのがきになりました。 このNNNNNNNNNが意味していることは何か、ご存じの方がいたら教えてください。 ヨロシクお願いします。

  • シークエンス解析

    実験初心者でして分かりにくい質問であったなら申し訳ありません。大変初歩的な質問で恐縮です。 現在癌細胞を用いてシークエンスを行っています(ABI310)。PCRmixを作り、PCRをかけてDNAの増幅を確認して、その後PCR産物を100倍希釈してテンプレートDNAを作りプレミックス、プライマー、SDWを加えもう一度PCRをかけて、できたシークエンスPCR産物を精製しシークエンサーにかけ塩基配列を読み取る方法です。一回目のPCRではバンドは大変はっきりと見え増幅が確認できるのですが、シークエンサーで結果を見ると4色蛍光のうち、赤(T)のみほぼ真っ直ぐな波形でわずかにクネクネと山型をなしており、きれいな山型が出ません。他の3色についてはピークはそう高くはないのですが塩基配列は一応読み取れます。何度精製を念入りに行っても同じ結果で困っています。アドバイス頂ければ有難いです。