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プラスミドへのＤＮＡ断片の挿入
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インサートサイズが大きくなると効率は下がります。 主な原因は、インサートが大きくなるとプラスミドにうまくライゲーションする効率が下がるというより、大きなプラスミドほど、コンピーテントセルに入りにくいということでしょう。ライゲーションがうまくいっているかどうかは、最終的に形質転換効率でみるしかないので、実際には形質転換効率の影響を除いた、ライゲーション単独の効率のというのは知りようがないのです。しかし、いろいろなサイズの精製されたプラスミドをつかって形質転換効率を見てみると、プラスミドサイズが形質転換効率にあたえる影響の大きさがわかります。 形質転換の方法やコンピーテントセルの性能によっても違いますが、chemical法だとおおむねインサート＋ベクターのサイズが10 kb以下ならサイズの増加による形質転換効率の低下はゆるやかですが、10 kbを超えるととたんに一桁くらい落ちます。
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ありがとうございました。 とても助かりました！