GENETYX-MACについて

質問

GENETYX-MACを使って制限酵素サイトの決定をしたいのですが、使い方がわかりません。どのような手順で行ったらいいですか。教えてください。よろしくお願いします。

回答No.1

TCA · ベストアンサー

「ある配列がどの制限酵素によって、どこで切断されるか調べたい」ということでよろしいでしょうか。
まず、調べたい配列をGENETYX-MACで開きます。次にメニューの［Nucleotide］から［Disp Restriction Site...］を選ぶと、結果の書式について聞いてきますので、必要な書式にチェックをいれて［OK］をクリックすると結果が表示されます。結果はテキスト形式のファイルですが、表示されただけでは保存されないので、必要なファイルは必ず保存してください。

書式についてはだいたい以下の通りです。
Display Restriction Site; サイトがあるかないか、あるならいくつあるか
Display Restriction Map; サイトが配列中のどこにあるか
Display Restriction Fragment; 消化された時に生じるフラグメントの数と長さ

また［Nucleotide］の［Select Restriction Enzyme...］で調べたい制限酵素を選ぶことができます。

補足

お礼が遅くなってしまってすいません。丁寧に教えて頂いて、とてもわかりやすかったです。しかし、早速やってみたのですが、制限酵素サイトがまったくない結果しか出ないのですが、何かソフトがおかしいのでしょうか？

回答No.3

TCA

すみません、ちょっと間違ってました。
［Restriction Enzyme List］のボックスの横にある［open］のボタンをクリックしてください。GENETYX-MACのフォルダの中に［RESFILE Folder］というフォルダがあると思いますので、その中から使いたいメーカー名のファイルを選択してください。すると［Restriction Enzyme List］のボックスに制限酵素名が表示されますので、必要なものを選んで［Add］で追加してください。追加した酵素は［Selected Restriction Enzyme List］のボックス内に表示されます。必要な酵素がそろったら［Done］をクリックして、［Disp Restriction Site...］を実行してください。

お礼

本当に何回もありがとうございました。丁寧に教えていただき大変参考になりました。

回答No.2

TCA

すみません、一つ手順をとばしてました。
［Nucleotide］から［Disp Restriction Site...］を実行する前に、［Nucleotide］の［Select Restriction Enzyme...］で制限酵素を選んでください。［Select Restriction Enzyme...］を実行するとメーカー名の一覧が表示されますが、使用する予定の制限酵素のメーカーを選択すればよいと思います。メーカー名を選択すると登録されている制限酵素が表示されますので、調べたい酵素を選択して［Add］で追加してください。とりあえず全部調べたい場合は［Add all］で全部追加してください。
プラスミドのマルチクローニングサイトの配列などで制限酵素サイトが表示されるかチェックすれば、解析できているかわかると思います。

補足

ありがとうございました。たびたびすいません。［Select Restriction Enzyme...］を実行しても一覧が表示されませんでした。helpにはファイルから取得するようなことが書いてありましたが、そのファイルがないようです。一覧はすぐに表示されるものですか？