死亡退職した社長と会社間の金銭賃借について

質問

婿養子ではありませんが、末っ子の妻と結婚してから義両親と同居し、義父が経営する会社で20年勤めてきました。
義父が亡くなり、自社株式は妻が100%相続して私が社長になりました。
事業主=会社みたいな社員３人の小会社で、お金に関する事は義父が全て一人で賄ってきたので、私も帳簿も決算書も義父が亡くなってから初めて見たような状態です。
経営状態は悪くありませんが、想像以上に銀行借入金が多かったので驚きました。
今後、借入金を減らすのが最大の課題です。

義父に対する未払い報酬や義父が会社に入れた自己資金等、対して仮払金や義父が会社の資金を私的流用したと思われるもの等、義父と会社間を出入りした資金が未清算でかなりあります。

顧問税理士に相談したら、事業主と会社の賃借は5年で時効、それ以前に義父が会社に入れた自己資金は相続人に返済しなくても大丈夫だとの事でした。

過去5年の範囲に絞ると義父が会社に入れた自己資金が約1000万円残っています。
しかし細かく精査すれば義父が会社から引き出した私的流用分の未清算もあるようですが、税理士さんもその内訳まで把握していないという事で、この相続にも関わる賃借の清算をどうしたら良いのか悩んでいます。

顧問税理士は、義父が会社に入れた自己資金は社内処理により返済しなくても良い形に整えられる、と言っています。
そして、義父に対する貸付金を700万円計上して相続人に返済するよう申し立てる事も可能である、と言われましたが私は経理がわからないので、顧問税理士の言う理屈が理解できません。

ただ先行き明るくない業界ですし、実子ではない者が事業を継いだ事に対する不安もあり、少しでも多く社内に資金を残したいのが本音ですが、義父の相続人は妻の他に兄姉が三人いますので、兄姉がどのような反応を示すかが気掛かりでなりません。

一つ一つを過去に遡って突合すると必ずしも会社のお金を義父が流用しているという事ではないのですが、帳簿上に問題が無く、きちんと決算を済ませれば、今後会社に関わらない相続人に対し、義父の遺産から義父に対する貸付金を回収する申し立をしても問題にならずに実行できるものでしょうか？

一般的に当社のような状況の場合、どのような判断をするケースが多いのか、同族経営の小会社の相続問題や、事業主と会社の賃借に関する社内処理に詳しい方に、客観的なご意見をうかがいたいです。

どうぞ宜しくお願い致します。