税金について

質問

税金について教えて下さい。
・Ａ⇒Ａ会社オーナー兼代表取締役社長
・Ｂ⇒Ｂ会社オーナー兼代表取締役社長（Ａの息子）（Ａ会社役員）
・Ｃ⇒Ａ会社役員監査役（Ａの母親）
・Ｄ⇒Ａ会社従業員（Ａの配偶者）

Ａの個人所有の土地の上にＡ会社の会社の建物ビルがあります。ビルは６階建です。Ａ会社はＡ個人に相当の地代をきちんと支払っています。
１階はＡ会社が飲食店を経営しています。３階、４階は、Ａの家族の住居です。Ｂも一緒に暮らしています。もちろんＣもＤも一緒に生活しています。
合計７人家族で生活しています。空いている他の数部屋は他人に貸してＡ会社は家賃収入も得ています。

最近３階、４階の住居部分の家賃をＡ会社に支払っていないことを税務調査で指摘されました。昔、税務調査が入った時は、指摘されなかったのに。
ちなみに何十年も会社に家賃を支払った事はありません。
ちなみに３階も４階も他人に貸したら、３階は約１０万ぐらい、４階は約８万ぐらいの相場で貸せると思います。

ここで質問です。
（１） 家賃を支払う場合、相場の値段を支払う事になりますか？多少安い家賃で良いと思いますが、いくらぐらいなら問題ないですか？
（２） 今回、家賃の部分を加えて会社が修正申告をしたとします。修正申告しても赤字決算なのですが、税金は支払わないと駄目ですか？
ちおなみに何年前までの家賃の部分を修正申告しないといけないのでしょうか？
（３） 今回、個人が会社から部屋部分を無料で使用しているということで、個人が会社から贈与を受けたという事で、個人の収入の修正申告をした方が
良いと思いますがどうでしょうか？その場合、収入が低い家族の誰か修正申告した方が得だと思うのですが可能ですか？

正直どうしたら良いですか？適切なアドバイスお願いします。

別に質問です。
（４） Ｂは自宅でＢ会社を経営しています。Ａ会社の３階部分です。Ｂ会社は自宅なので無料で使用しています。家賃など払っていません。
何か税金面で問題はありますか？Ｂ会社は経費に入れていないので問題ないと思います。個人の部分でなにか問題がありますか？

お答えお願いします。