Octaveでlibsvmを使った画像認識をしたい

質問

題のとおり，Octaveでlibsvm（識別器ライブラリの一種）を使った画像認識をしようと考えています。ところが，，，

libsvmは使えるのですが，画像を読み込むimread()関数が使えません。
具体的には，以下のエラーがでます。

octave:2> test_image
error: default_formats: /usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/oct/x86_64-apple-darwin13.4.0/__magick_read__.oct: failed to load: dlopen(/usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/oct/x86_64-apple-darwin13.4.0/__magick_read__.oct, 2): Symbol not found: __ZN6Magick5ColorC1Ejjj
Referenced from: /usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/oct/x86_64-apple-darwin13.4.0/__magick_read__.oct
Expected in: /usr/local/octave/3.8.2/lib/libGraphicsMagick++.3.dylib
in /usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/oct/x86_64-apple-darwin13.4.0/__magick_read__.oct
error: called from:
error: /usr/local/octave/3.8.2/share/octave/3.8.2/m/image/imformats.m at line 255, column 11
error: /usr/local/octave/3.8.2/share/octave/3.8.2/m/image/imformats.m at line 78, column 3
error: /usr/local/octave/3.8.2/share/octave/3.8.2/m/image/private/imageIO.m at line 60, column 7
error: /usr/local/octave/3.8.2/share/octave/3.8.2/m/image/imread.m at line 107, column 30
error: /Users/hajime/Desktop/image_2/test_image.m at line 12, column 4
octave:2>

環境は，
・Mac OS X Yosemite 10.10.2
・Octave 3.8.2
(http://sourceforge.net/projects/octave/files/Octave%20MacOSX%20Binary/test/2014-09-25-Binary-of-GNU-Octave-3.8.2-for-OSX-10.9.5/より入手)
・libsvm 3.20
(http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/より入手)

です。

試しに，古いバージョンのOctaveを入れてみたところ，

・Octave 3.8.0
(http://sourceforge.net/projects/octave/files/Octave%20MacOSX%20Binary/2013-12-30%20binary%20installer%20of%20Octave%203.8.0%20for%20OSX%2010.9.1%20%28beta%29/より入手)

画像を読み込むimread()関数は使えるようになりましたが，
libsvmが使えなくなってしまいました。（一つの.mファイルを別々のOctaveで使い分けることができれば解決するのかもしれませんが，ややこしいことになりそうなので考えていません。）

Octaveのバージョンアップによって，imread()関数が使えなくなるような変更があったと思うのですが，それが何なのか，どうやって直すのかが分かりません。

どこに問題がありそうでしょうか？
かなり手こずっています，どうかお助けくださいm(><)m

回答No.7

ki073 · ベストアンサー

LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/octave/3.8.0/lib/octave/3.8.0:/usr/local/octave/3.8.0/lib/libgcc
についてはどうも効果がないようです。
Octave-cliはターミナルを使っていますが、環境変数はどうも引き継がなさそうです。害はないように思いますが、元に戻してください。

3.8.2でコンパイルしたものは3.8.2のライブラリを必要とするので（otoolで表示されている）
それを残しておく必要があります。
3.8.2を消してしまっていたら次の方法を試してみてください。
cd /usr/local/octave
sudo ln -s 3.8.0 3.8.2
これで3.8.2のライブラリを使ってくれると思いますが、バージョンの差を吸収できるかはわかりません。

それがダメなら、
3.8.2をインストールして、/usr/local/octave/3.8.2以下をどこかに移動(mvコマンドで可能)して、
3.8.0をインストールして、3.8.2を元の位置に戻すという方法です。

こちらで、10.9で両方のバージョンを重ねてインストールすると、
GraphicsMagickは片方にしか入っていなかったり、片方のライブラリがかなり不足した状態でできていました。

以上確認はできていませんが、動くような気がします。

ここまでするのならRなどに書き換えたほうが将来的によいような気もしますが、

お礼

解決策は「別の環境で実行する」ということで落ち着きました。

補足

->
3.8.2をインストールして、/usr/local/octave/3.8.2以下をどこかに移動(mvコマンドで可能)して、
3.8.0をインストールして、3.8.2を元の位置に戻すという方法です。

試してみました。すると，

octave:3> z = [1; -1; -1; 1];
octave:4> X = [0, 0; 0, 1; 1, 0; 1, 1;];
octave:5> model = svmtrain(z, X);
*
optimization finished, #iter = 2
nu = 1.000000
obj = -3.690364, rho = 0.000000
nSV = 4, nBSV = 4
Total nSV = 4
octave-cli-3.8.0(1823,0x7fff7307e300) malloc: *** error for object 0x10c2d4270: pointer being freed was not allocated
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
panic: Abort trap: 6 -- stopping myself...
attempting to save variables to 'octave-workspace'...
save to 'octave-workspace' complete
Abort trap: 6
logout

[プロセスが完了しました]

結果は出ました！が，エラーがでます。
これだと学習はできても，識別器として使えません。。。

この種のエラーであれば，何とかなりそうでしょうか？

回答No.8

ki073

無理みたいですね。このエラーはちょっと厄介です。
最初に書いた方法はどうですか？　lnを使う方法です。

10.9でですが、MacPortsを使ってOctaveをインストールでき正常に動作しました。
元のままではエラーが出ていたので、次の様にしましした。
/opt/local/var/macports/sources/rsync.macports.org/release/tarballs/ports/math
にoctaveというフォルダがあります。それをフォルダごと適当なところにコピーします。
その中に、Portfileというファイルがあります。
revision 7
を
revision 7a
に、これは元のものと区別するためです。
--enable-docs \
を
--disable-docs \
に、docを作るときにエラーが出ていたのでそれを回避するためです。

後はcdで変更したoctaveフォルダの外になるようにして
sudo port install ./octave
で正常に動きました。
octave-cliのアイコンが出来ていませんでしたので、コマンドで入れる必要がありました。

お礼

再び時間が空いてしまいました。

今まで，いろいろなことを試しても
だめだったので，Octaveは諦めました。

ご助言のように，別の環境で行うことにしました。
Rではなく，Pythonですが，細かな設定は少しあったものの，
環境のインストール
画像の読み込み
libsvmの使用
は全てできました。

結局，Octaveでの実行はできませんでしたが，
この２週間ほど，いろいろ考えてくださってありがとうございます。
少し，前進しましたm(_ _)m

回答No.6

ki073

訂正
>最後の方に
ではなくexportが書かれているところですね。最後だとopen命令が実行された後になりますね。
gccのバージョンが違うのでちょっと厳しいかな。

補足

少し日が空きました。

おっしゃるのは，
3.8.2でimreadを使えるようにするのは難しそうなので，
3.8.0をベースにして，libsvmを使えるようにする方針でしょうか。

以下試したことです。

3.8.2でmakeは上手くいくようなので，
まず，libsvmは3.8.2でmakeし，ダイナミックライブラリを確認すると

'USER'-MacBook-Pro:matlab 'username'$ otool -L svmtrain.mex
svmtrain.mex:
/usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/liboctinterp.2.dylib (compatibility version 3.0.0, current version 3.0.0)
/usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/liboctave.2.dylib (compatibility version 3.0.0, current version 3.0.0)
/usr/local/octave/3.8.2/lib/libgcc/libstdc++.6.dylib (compatibility version 7.0.0, current version 7.20.0)
/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1213.0.0)
/usr/local/octave/3.8.2/lib/libgcc/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)

となりました。
続いて，3.8.0をインストールし，3.8.0のターミナルから以下のテストを実行。

octave:3> z = [1; -1; -1; 1];
octave:4> X = [0, 0; 0, 1; 1, 0; 1, 1;];
octave:5> model = svmtrain(z, X);
error: /Users/'username'/Desktop/libsvm-3.20/matlab/svmtrain.mex: failed to load: dlopen(/Users/'username'/Desktop/libsvm-3.20/matlab/svmtrain.mex, 2): Library not loaded: /usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/liboctinterp.2.dylib
Referenced from: /Users/'username'/Desktop/libsvm-3.20/matlab/svmtrain.mex
Reason: image not found

エラーがでます。
それから，Octave.cli(3.8.0)のOctaveに，２行目を追加しました。

１行目　export PATH=/usr/local/octave/3.8.0/bin:/usr/local/octave/3.8.0/sbin:${PATH}
２行目　export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/octave/3.8.0/lib/octave/3.8.0:/usr/local/octave/3.8.0/lib/libgcc
３行目　export GNUTERM=qt
４行目　cd $OCTAVE_HOME
５行目　open -a Terminal.app /usr/local/octave/3.8.0/bin/octave | logger 2>&1

そして，3.8.0を再起動し，同じテストを実行。
同じエラーがでます。
さらに，3.8.2を消して，もう一度同じことを実行。
同じエラーがでます。

これで，おっしゃる方法は試したことになっているでしょうか？

回答No.5

ki073

OSX 10.10.3が入ったので試してみました。
結局は3.8.0ではimreadは大丈夫ですが、makeはだめ、3.8.2ではimreadもだめ、makeも一部だめでした。

よい解決方法は無さそうですが
OSX10.9でmakeしたsvmtrain.mexはそのままで10.10で使えましたので、もしmake可能はバージョンで作ったものがあればコピーして使えると思います。

3.8.2でmakeできるのでしたら、もしかしたら.mexファイルだけを移しても使えるかもしれません。こちらでは確認できませんのでそんな気がするだけです。
ただし、3.8.2で作ったものは3.8.2内部のライブラリを使っていますので、必要なものを残しておく必要があります。共存可能な状態であれば動くかも知れません。

別の方法として、同じく3.8.2で作ったものですが、3.8.0内部のライブラリを使ってもらうように変更することも出来るかもしれません。この場合は、3.8.2を消してしまって、
Octave.cliを右クリックでパッケージを開いて、中の方にOctaveというファイルがあります。テキストファイルですので
CotEditorなどのテキストエディタで開いて、最後の方に
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/octave/3.8.0/lib/octave/3.8.0:/usr/local/octave/3.8.0/lib/libgcc
と一行追加してみてください。
確証が持てませんが、うまくいく可能性もあります。

参考
ターミナルで使っているダイナミックライブラリを確認できます。
otool -L svmtrain.mex
とすると
svmtrain.mex:
/usr/local/octave/3.8.0/lib/octave/3.8.0/liboctinterp.2.dylib (compatibility version 3.0.0, current version 3.0.0)
/usr/local/octave/3.8.0/lib/octave/3.8.0/liboctave.2.dylib (compatibility version 3.0.0, current version 3.0.0)
/usr/local/octave/3.8.0/lib/libgcc/libstdc++.6.dylib (compatibility version 7.0.0, current version 7.18.0)
/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1197.1.1)
/usr/local/octave/3.8.0/lib/libgcc/libgcc_s.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1.0.0)
のように出力されます。3.8.2で作った場合には3.8.2になりますので、ダマしてしまおうというものです。

回答No.4

ki073

追加ですが
Octaveの3.8.2と3.8.0は両方インストールしたら駄目ですよ。
不完全なものになってしまいます。両方完全に消して(/usr/localの中身も)、その後で3.8.0だけをインストールしてください。

補足

それは大丈夫です。3.8.0だけのインストールは，試行錯誤の過程でやりました。
一応，もう一度やってみましたが，やはり両方インストールされている場合と同じエラーが出ます。

実は，mkoctfileを3.8.2のものと置き換えたり，また，それによって生じるエラーの原因のファイルを置き換えたりみたりもしてみました（あまりやってはいけないことと思いますが）。ですが，それもうまくいかないようです。

回答No.3

ki073

http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/libsvm/
のtar.gzファイルを使っていますが、たぶん同じものですよね。

原因を切り分けたいと思います。

makeの代わりに
mex svmtrain.c ../svm.cpp svm_model_matlab.c
とすればどうなりますか？
また
mex libsvmread.c
mex libsvmwrite.c
mex svmpredict.c ../svm.cpp svm_model_matlab.c
はどうでしょうか？
結局は.mexのファイルがあればなんとかなるのですが。

補足

はい。tar.gzをダウンロードしています。

makeの代わりにmexとした場合，

octave:3> mex svmtrain.c ../svm.cpp svm_model_matlab.c
/usr/local/octave/3.8.0/bin/mkoctfile-3.8.0: line 479: 1619 Segmentation fault: 11 /usr/local/octave/3.8.0/bin/gcc-mp-4.7 -c -fPIC -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave/.. -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave -I/usr/local/octave/3.8.0/include -pipe -Os -m64 -D_THREAD_SAFE -pthread -I. svmtrain.c -o svmtrain.o
warning: mkoctfile exited with failure status
octave:4> mex libsvmread.c
/usr/local/octave/3.8.0/bin/mkoctfile-3.8.0: line 479: 1631 Segmentation fault: 11 /usr/local/octave/3.8.0/bin/gcc-mp-4.7 -c -fPIC -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave/.. -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave -I/usr/local/octave/3.8.0/include -pipe -Os -m64 -D_THREAD_SAFE -pthread -I. libsvmread.c -o libsvmread.o
warning: mkoctfile exited with failure status
octave:5> mex libsvmwrite.c
/usr/local/octave/3.8.0/bin/mkoctfile-3.8.0: line 479: 1640 Segmentation fault: 11 /usr/local/octave/3.8.0/bin/gcc-mp-4.7 -c -fPIC -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave/.. -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave -I/usr/local/octave/3.8.0/include -pipe -Os -m64 -D_THREAD_SAFE -pthread -I. libsvmwrite.c -o libsvmwrite.o
warning: mkoctfile exited with failure status
octave:6> mex svmpredict.c ../svm.cpp svm_model_matlab.c
/usr/local/octave/3.8.0/bin/mkoctfile-3.8.0: line 479: 1651 Segmentation fault: 11 /usr/local/octave/3.8.0/bin/gcc-mp-4.7 -c -fPIC -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave/.. -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave -I/usr/local/octave/3.8.0/include -pipe -Os -m64 -D_THREAD_SAFE -pthread -I. svmpredict.c -o svmpredict.o
warning: mkoctfile exited with failure status
octave:7>

となります。

回答No.2

ki073

Octave 3.8.2で試したらimreadがやはり駄目ですね。
GraphicMagickは入っているので、あまり深入りしないようにしました。

次に3.8.0にしました。質問欄のリンクのものです。
> make
> z = [1; -1; -1; 1];
> X = [0, 0; 0, 1; 1, 0; 1, 1;];
> model = svmtrain(z, X);
とやっても補足欄のような結果になりますが、どこでエラーが出ますか？

中に入っているgccが3.8.0で4.7, 3.8.2で4.9になっています。この程度で差がある様には思えませんが。
ちなみにこちらはOSX 10.9.5です。

補足

そちらでは，Octave3.8.0でlibsvmが動くようですね、、、

こちらのOctave3.8.0での実行結果を以下のとおりです。

octave:1> cd /Users/'username'/Desktop/libsvm-3.20/matlab
octave:2> make
/usr/local/octave/3.8.0/bin/mkoctfile-3.8.0: line 479: 936 Segmentation fault: 11 /usr/local/octave/3.8.0/bin/gcc-mp-4.7 -c -fPIC -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave/.. -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave -I/usr/local/octave/3.8.0/include -pipe -Os -m64 -D_THREAD_SAFE -pthread -I. libsvmread.c -o libsvmread.o
warning: mkoctfile exited with failure status
/usr/local/octave/3.8.0/bin/mkoctfile-3.8.0: line 479: 946 Segmentation fault: 11 /usr/local/octave/3.8.0/bin/gcc-mp-4.7 -c -fPIC -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave/.. -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave -I/usr/local/octave/3.8.0/include -pipe -Os -m64 -D_THREAD_SAFE -pthread -I. libsvmwrite.c -o libsvmwrite.o
warning: mkoctfile exited with failure status
/usr/local/octave/3.8.0/bin/mkoctfile-3.8.0: line 479: 955 Segmentation fault: 11 /usr/local/octave/3.8.0/bin/gcc-mp-4.7 -c -fPIC -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave/.. -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave -I/usr/local/octave/3.8.0/include -pipe -Os -m64 -D_THREAD_SAFE -pthread -I. svmtrain.c -o svmtrain.o
warning: mkoctfile exited with failure status
/usr/local/octave/3.8.0/bin/mkoctfile-3.8.0: line 479: 964 Segmentation fault: 11 /usr/local/octave/3.8.0/bin/gcc-mp-4.7 -c -fPIC -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave/.. -I/usr/local/octave/3.8.0/include/octave-3.8.0/octave -I/usr/local/octave/3.8.0/include -pipe -Os -m64 -D_THREAD_SAFE -pthread -I. svmpredict.c -o svmpredict.o
warning: mkoctfile exited with failure status
octave:3> z = [1; -1; -1; 1];
octave:4> X = [0, 0; 0, 1; 1, 0; 1, 1;];
octave:5> model = svmtrain(z, X);
error: /Users/'username'/Desktop/libsvm-3.20/matlab/svmtrain.mex: failed to load: dlopen(/Users/'username'/Desktop/libsvm-3.20/matlab/svmtrain.mex, 2): Library not loaded: /usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/liboctinterp.2.dylib
Referenced from: /Users/'username'/Desktop/libsvm-3.20/matlab/svmtrain.mex
Reason: image not found
octave:5> cd /Users/'username'/Desktop/image_folder
octave:6> img = imread('IMG.jpg');
octave:7>

このエラーから，何か思い当たる節があるでしょうか？

※補足（試してダメだったこと）
私は，makeが失敗しているように思いました。
'warning: mkoctfile exited with failure status'
のエラー文をgoogleで検索したところ，

'octaveでmexファイルを作成 - 禁漁の金魚の金色の岐路の業'
http://d.hatena.ne.jp/LCRTB/20130212/1360654579

の記事があったので，記事と同じように'octave-headers'を入れればよいのかと思い，
以下のコマンドを実行しました。

'USER'-MacBook-Pro:~ 'username'$ brew install octave-headers
Error: No available formula for octave-headers
Searching formulae...
Searching taps...

が，見つからず，これはここで諦めました。

回答No.1

ki073

外部のライブラリを使う場合には普通次の様にします。（Octaveも多分そうだと思いますが一般的にはです）
1. 外部のライブラリ(ここではlibsvmに相当する)を適当な方法でインストールする（可能な限りパッケージ管理ソフトでインストールする)
2. 使用するソフト(Octaveに相当)から外部ライブラリを使うためのライブラリをインストールする。
この2段階になっている場合がほとんどです。Rのように2をやると1も自動的にやってくれるものもあります。

前の回答にも書きましたが、初心者がやってはいけないことをいっぱいやっているので、傍観していましたが、次のことを書き込めばこちらでもやってみます。

1) 質問欄のライブラリをインストールするためのコマンド全て。
2) 正しくインストールできたか確認するためのテストプログラム。

Rでもlibsvmを使ったライブラリがあり、日本語の記事がたくさんあります。こちらの方が楽な様におもいます。
一部試してみましたが、Rのメニューから選ぶだけでlibsvmもインストールでき、正常に動作することを確認できました。

補足

アドバイスありがとうございます。

Rでやれば全部うまくいくのかもしれませんが，その他のプログラムなどを既にOctaveで書いてしまっているので，どうしてもOctaveで実行したいのです。

エラーに至った経緯を，1), 2)の事項を考慮して以下に示します。

1. Octave3.8.2のダウンロード
http://sourceforge.net/projects/octave/files/Octave%20MacOSX%20Binary/test/2014-09-25-Binary-of-GNU-Octave-3.8.2-for-OSX-10.9.5/
　から，'GNU_Octave_3.8.2-1.dmg'をダウンロード。

2. Octave3.8.2のインストール
'GNU_Octave_3.8.2-1.dmg'を起動し，'Octave-3.8.2-1.mpkg'を開き，
指示に従ってインストール。すると，アプリケーションフォルダに，'Octave-cil'が出現する。

3. コマンドを実行
　'Octave-cil'を起動し，以下のコマンドを実行する。
(libsvmと，image_folder/IMG.jpgはデスクトップに保存されている)

octave:1> cd /Users/'username'/Desktop/libsvm-3.20/matlab
octave:2> make
octave:3> z = [1; -1; -1; 1];
octave:4> X = [0, 0; 0, 1; 1, 0; 1, 1;];
octave:5> model = svmtrain(z, X);
*
optimization finished, #iter = 2
nu = 1.000000
obj = -3.690364, rho = 0.000000
nSV = 4, nBSV = 4
Total nSV = 4
octave:6> cd /Users/'username'/Desktop/image_folder
octave:7> img = imread('IMG.jpg');
error: default_formats: /usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/oct/x86_64-apple-darwin13.4.0/__magick_read__.oct: failed to load: dlopen(/usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/oct/x86_64-apple-darwin13.4.0/__magick_read__.oct, 2): Symbol not found: __ZN6Magick5ColorC1Ejjj
Referenced from: /usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/oct/x86_64-apple-darwin13.4.0/__magick_read__.oct
Expected in: /usr/local/octave/3.8.2/lib/libGraphicsMagick++.3.dylib
in /usr/local/octave/3.8.2/lib/octave/3.8.2/oct/x86_64-apple-darwin13.4.0/__magick_read__.oct
error: called from:
error: /usr/local/octave/3.8.2/share/octave/3.8.2/m/image/imformats.m at line 255, column 11
error: /usr/local/octave/3.8.2/share/octave/3.8.2/m/image/imformats.m at line 78, column 3
error: /usr/local/octave/3.8.2/share/octave/3.8.2/m/image/private/imageIO.m at line 60, column 7
error: /usr/local/octave/3.8.2/share/octave/3.8.2/m/image/imread.m at line 107, column 30
octave:7>

すると，このようなエラーが出ます。